20世纪80年代中后期新历史主义思潮兴起以来，历史与文本的互动关系被反复强调：“历史是一个延申的文本，文本是一段压缩的历史。”如果说神巫叙事的离奇与吊诡增强了文本历史的偶然性，强化了小说的新历史主义特征，那么对于湘西近百年匪患历史的书写则增加了文本历史的厚重感，钩沉了已经离我们远去的历史真实。
《巫师简史》再现了近代湘西遭受土匪骚扰的历史面貌，而匪患的根除和土司制度的废除也标志着湘西社会的现代化转型。湘西自古是少数民族聚居之地。朝廷为加强对该地的统治，在苗区驻扎重兵，实行军事钳制。但长期的军事封锁使民众积怨渐深，经年累月后苗民开始反抗。这些叛乱的百姓逐渐发展成为称霸一方的土匪。明朝以来，官民之间的矛盾更为激烈，湘西苗疆成为了叛乱的作俑之地。不仅如此，土匪利用湘西的险要山形，纷纷占山为王，也给当地的民众带来了无尽的灾祸。为了平定匪乱，朝廷进行了数次的剿匪运动，但匪患一直未能根除。民国时期，湘西的匪患愈加严重，坊间便有“‘湖南未乱，湘西先乱’之说，形成了‘兵来匪去，兵去匪聚，匪盗不息’的匪患乱史。”于怀岸便借朝野之间、匪民之间的矛盾冲突向人们展示了湘西真实的匪患历史。《巫师简史》的叙事者构建了“匪乱—剿匪—匪乱—剿匪……”这样循环往复的情节结构。小说里，猫庄世代都遭受着土匪的侵扰。他们打家劫舍，杀人越货，使当地的百姓苦不堪言。官府数次进山剿匪却都以失败告终，猫庄的几任巫师亦都死于土匪之手。巫师赵天国的弟弟也在一次抗击土匪的战斗中牺牲了。
小说中，与匪患并置的是土司王的残酷统治。五代十国时期，溪州之役战败，彭士愁被迫与楚王马希范签订盟约，接受楚王的统治。朝廷在湘西设置土司制度管束苗民和土民，实行“以土官治土民”的政策。但“溪州之役，彭氏纳溪、锦、奖三州印归降，并不是把管辖权都交出了”，土司王在其领地内拥有极大的权力，他可以自设总理、土知州和土中军等，除了不能登基，几乎与皇帝无异。土司王手握着人民的生死大权，对待下层百姓的刑法也是非常野蛮残酷，其刑法有宫刑、割耳、挖眼、断指等，土司王的统治给当地带来了深重的灾难。清雍正年间，朝廷改土官制度为流官制度，由中央政府直接统治湘西。在一定的历史时期内，土司制度维护了边疆地区的社会稳定，但也给当地百姓带来了无尽的灾难。进入民国之后，土司制度虽然被废除了，但土司势力的影响一直存在于湘西地区。
土匪头子田大牙与土司后代彭学清之间的矛盾冲突，最为典型地勾勒了湘西百姓的生存处境。土匪头子田大牙是个心狠手辣，杀人不眨眼的人。他有个习惯——三年不抢劫，抢劫一次吃三年。而且每次出来抢劫，田大牙刀必见血，不杀个人决不回山寨。在一次下山抢劫时，田大牙碰巧遇上收账回来的彭少华，竟一刀把彭少华钉了个透心穿。过路的老人就这样惨死在土匪的刀下。然而令田大牙没有想到的是，这一举动给他带来了杀身之祸。彭家是土司的后代。彭少华的儿子彭学清带领剿匪军队，一举端了田大牙的老窝，活捉了田大牙一伙几十号人。彭学清特地在彭少华坟前穿上了传统的土司王服装——毕兹卡，并让他爹享受土司王的陪葬礼遇。田大牙被施以凌迟。彭家人首先割掉了他的鼻子，其次是左耳、右耳、手臂……割了二三十刀，田大牙才痛苦地死去。胡二炮因为叫骂了几句，舌头连同喉管一起被扯了出来。田大牙手下的土匪有些被砍头，有些被活埋。彭学清重新激活了土司王统治时期的陪葬制度，让土匪们都成了彭少华的陪葬品。