随着专业学位的升温和体量扩大，在实际培养教育过程中的一些问题也随之而来，生源层次参差不齐、群体异质性高、思想状况更加多元、价值观更加现实等，给思想政治教育带来了新的挑战。而且还存在学习年限短、人员较为分散、不方便组织等问题，尤其是在心智更加成熟的研究生群体中，需要思考如何更好地尊重受教育者的主体性，注重疏通和引导，在把握思想政治教育规律性的基础上进行以人为本、因人而异的工作。在专业学位研究生培养中，办学单位更多关注激发和培养专业学位研究生在其实践、应用和技能等方面的能力，对学生群体思政教育的关注尚显不足。因此在该群体中开展常规的思政工作难度较大，该群体的思政工作形式还有待创新，对于专业学位研究生思政教育的实际工作还是缺乏明确和系统的规划。具体的瓶颈和不足主要体现在：
1、认知高度和整体规划不足。对专业学位研究生思政教育重视度和系统研究不足，育人目标缺乏总体设计，内容和手段缺乏系统性和吸引力。专业学位研究生群体有一定的社会属性且更多与职业环境联结，在当下复杂的社会环境下也呈现“个体化”特征，思政教育少有针对这一群体的系统性考虑；目前单兵单线的思政教育不够完整和系统，任课教师“课程思政”意识普遍较为薄弱，教师选配和培养工作及专业能力亟需提升，尚未形成相匹配的评价体系，思政教育针对性和有效性和创新性还需加强，课程教学存在理论说服力不够、内容不够鲜活、信息化手段运用不充分、与学生的学习生活实际存在“距离”，学生感受度不深，课堂教学针对性和实效性有待进一步增强；
2、教师认知与经验的不足。专业学位教师针对专业学位研究生群体如何有效实施思政育人缺乏足够的认知和经验。专业学位教师要将思政与专业教育有机融合，对教师功底要求高，目前不少老师对社会现实问题关照不足、研究不深、解析不透，不能有效解答学生思想困惑，未能很好发挥思想引领，也缺乏成系统、有深度的研究；思政类课程以理论阐释理论、以政策解释政策，缺乏创新、不接地气，提出的意见建议现实针对性不强、可操作性还不足。需要思考如何把新思想的理论体系转化为教材体系、教学体系，进而转化成为学生的价值体系；如何提升思政课针对性、有效性和亲和力；如何调动更多专业课与思政课同向同行、协同育人，需要进一步探索推进；
3、全方位育人体系不健全。专业学位研究生思政教育缺乏育人合力，育人主体缺乏协同性，校企校社等全方位育人体系尚未构建。研究生思政教育“三全育人”内涵包括全员育德、全方位育德、全过程育德三重要求。现实中对专业学位研究生思政工作缺乏有效的协同育人机制，研究生导师、辅导员、任课老师、行政人员存在多个异质育人的角色，会出现“治学有余，育人不足”、“育人有心、其力不足”或“管理有余，育人不足”等现象，彼此之间协同不力，尚未形成多元异质协同主体围绕立德树人中心任务，同心同德，齐抓共管，形成德育“向心力”的格局。尚未充分整合和拓展资源，构建思政教育小课堂与社会大课堂结合的适应专业学位人才培养特定属性和要求的工作大格局。