（1）指标体系不科学
当前，大部分的企业已经充分认识到预算管理的重要性，甚至有的企业也在实施，除了规模以上的企业达到一定预算管理水平外，大部分中小企业重视不够，或因缺乏相应的预算管理人员，闭门造车，导致编制预算指标不切合实际，操作性不强，起不到管理的作用。
（2）预算管理缺位
实施企业预算管理的企业普遍存在管理缺位的情况。部分企业预算管理人就是财务部门，没有到全员参与的地步。严格来说，预算管理应该是全员参与的，不仅是财务部，其余业务部门也应该积极参与进来。而这样的管理缺位必然会带来管理的错位，出现责任不清，预算与企业战略脱节等等。企业核心团队制定预算管理方案要结合自身战略目标，融合财务部门、市场管理、人力资源等多方面的指标体系来确定预算，并明确责任，加以落实。
（3）预算和考核脱节
企业战略、预算、绩效是企业管理的三架马车，预算管理工作的落实基本是以财务部门为主实施的，而绩效考核往往是人力部门承接的，但在实施工程中可能会出现扯皮现象，比如：采购生产部门或管理者与财务部门沟通缺乏，脱离预算指标，财务部门失控的情况；人力部门在用人方面脱离预算，加大人工成本或绩效考核过程脱离实施预算的财务部门，造成预算目标割裂，落不到实处，成一纸空文。任何经济指标归根结底都与资金相关联，因此，财务管理部门是预算管理的核心部门，要充分发挥财务管理的职能，并与人力部门绩效考核紧密结合，才能确保财务预算管理的效力，进而推动企业的进步。
（4）财务管理人员的水平有待提高
传统的财务管理是停留在管好钱、记好账、照章纳税就是好财务的观念上，所以，一般企业财务部门管理水平是狭隘的，是看门人的角色，而当前世界经济格局已经日新月异，互联网+、产业融合、平台经济、数字经济等等推动着企业向更深更广阔的空间发展，传统的财务管理已不适应时代的步伐，造成企业预算管理执行者的水平不上线，即使企业管理者有好的思路和战略，也不能科学的进行目标分解和指标考核，而且财务人员财务预算分析能力不强，不能对预算执行过程进行有效分析，问题查找不及时，改进不到位，难以切实发挥财务管理的监督职能，预算管理的作用受限。