科研能力养成是必须的、迫切的，但养成的过程和方法却依然要遵循教育科学的基本原理、基本理念，要遵从能力培养的基本原则。马克思曾说过：“要改变一般人的本性，使他获得一定劳动部门的技能和技巧，成为发达的和专门的劳动力，就要有一定的教育和训练”。科研能力作为医学生能力培养的重要方面，其启蒙、教导、训练和形成，一定是需要专门的教育过程的。这种教育过程必须建立在一定的教育理念、教育方法和教育手段之上。
一是循序渐进的原则。正视科研能力并不是一种单一的技能，而是逻辑推理与判断、资料搜集与分析、问题解决与展示的综合能力；不但要有提出、理解和解决问题的能力，还要有独立思考、数据处理、成果汇报和学术写作的能力。对这些分属不同课程的教学培养内容，要遵循人的认知规律，在教学过程中遵循教育学的循序渐进原则，依据各课程的自身规律特点逐步展开教育培养，多次反复，层层叠叠，不断积累，逐步加深强化。
二是知行合一的原则。知行合一是教育学的重心。知识本身是他人的理性认识，如果只是传授，那么只能带给学生一般性的感性认识；只有通过动手操作的实践课程，才能让学生获得从感性认识到理性认识的真正飞跃。通过培训，学生将理论知识应用于解决临床实际问题。知行合一的过程使学生逐步形成分析问题、解决问题的能力。知行合一的教学原则，既强调理论教学，也注重实践能力的培养。只有重视知行合一的教育理念，才能真正实现科研能力的养成。