基层党政组织是开展农村思想政治工作的主导力量，主要包括党的乡镇组织体系和村级组织体系两部分。其中乡镇党委是思想政治工作的直接领导者和实施者；村级组织主要承担农村公共管理职能，直接接受乡镇党委的领导，其中村党支部在乡村事务中居于核心领导地位，负责对农村党员的日常教育、管理和监督，加强对农民的组织、宣传、凝聚和服务工作。而乡镇基层党政组织处在“压力型体制”末端，基政权的“悬浮”性，农民阶层分化和生存价值的嬗变性、乡村社会环境的复杂性、工作方法简单化等问题，严重影响了思想政治工作的组织力、影响力、亲和力和实效性。
（一）基层党政组织的“悬浮”性，削弱了思想政治工作的组织力
基层党政组织是农村思想政治工作的实施主体，主要包括乡镇党委、宣传部门、宣传干事和行政村“两委会”成员组成。乡镇党组织处在“压力型体制”末端，从权责划分、财政状况、治理方式、考评体系来看，紧紧围绕上级下达的“GDP硬指标”展开，而对农民的政治思想教育和道德文化建设往往作为“软指标”看待，这种见物不见人的“物本主义”和对上负责的体制性困境，导致了基层党政组织政治宣教功能的“悬浮”性，逐渐疏离与农民日常联系。尤其在一些经济欠发达乡镇，基层干部普遍认为只要抓好物质文明建设，抓紧老百姓“富口袋”的任务就行了，GDP达标考核是显绩，而帮助农民“富脑袋”是吃力不讨好的潜绩，一定程度上造成了基层工作重心上移，农村思想政治工作落实不到位或“缺位”就不难理解了。而在农民中间普遍觉得中央的惠农政策比较多，具体落实到农民头上的好政策却没有多少，使农民对党的政治认同从中央到地方逐渐递减，到了乡镇一级降到了最低，农民对基层政府表现出极大的不信任，又会影响到基层政府对中央惠农政策宣传教育和贯彻落实，很大程度削弱了思想政治工作的社会整合功能。乡镇基层在GDP发展主义策略主导下，农村思想政治工作组织者和领导者在带领农民增收致富的过程中，往往陷入险隘的“经济决定论”观点中，忽视对农民多元利益诉求的尊重和保障，尤其在精神文明建设和农村文化建设中出现 “一手硬、一手软”的倾向，加剧了农民精神衰落和价值空场，削弱了党在农村意识形态工作主导性。
（二）农民阶层分化和生存价值的嬗变性，加剧了思想政治工作复杂性
思想政治工作归根到底是做人的思想工作，逐步提高人素质的过程。在市场化、城镇化、工业化和信息化的推动下，贴在传统农民身上的标签发生了根本性变化，已经实现从温饱不足的生存状态跨越到小康富足的发展状态。在新旧体制转轨与乡村社会结构转型交错并行的大背景下，农业型基层政府对乡村社会整体的控制能力下降，大量青壮年外出务工经商，游离于村庄共同体之外。而无法进城的农村留守群体勉强维持基本的农业生产生活，造成了乡村优质资源的空心化，高度同质化的村庄共同体开始解体，异质化的阶层分化加剧了农民的原子化倾向。在“理性经济人”思维的驱使下，农民各利益主体之间的差距拉大，农民更在意实现的物质利益，而不会轻易相信脱离生活经验抽象的政治号召，农民价值认同的碎片化，使农村思想政治工作理论远远滞后于与实践，发生了理论与实践的断裂，感召力和实效性不强等现代性困境，思想政治工作的社会功能和地位式微。
改革开放40多年，乡村社会经历了巨大的历史变迁。农村社会经济、农耕文明、社会心理发生巨大的变化。乡村人力、物力、财力大量溢出单向流入城镇，农村伦理道德价值观念日益式微，维系村庄共同体的价值基础逐渐瓦解。贺雪峰把农民的价值划分为基础性价值、社会性价值和本体性价值三种类型，其中基础性价值是个体生命得以延续的物质资料保障，社会性价值是个体在社会中所获得的位置感和评价，本体性价值是个体对生命意义归属的思考，如何将有限的生命转换为无限意义的人生，是对人生根本问题在超越性和终极价值的关照。而农民个体生存意义主要在于社会性价值和本体性价值两个方面，其中本体性价值是对农民意义世界归属问题的精神关怀，是“本我”赋予有限生命超越性意义的终极追求。传统乡村社会农民本体性价值是通过祖荫庇护获得结构性位置，以“延续香火”完成个体血脉的延续，具有鲜明的伦理本位和现实指向。在市场经济洗礼下的乡村，现代性的侵入和工具理性的滋生，使农民生存意义的根基开始动摇，传宗接代延续香火的生育观念在计划生育政策和生存理性的压力下，长远的价值预期被短期的“实惠”所代替，农民对本体性价值的“历史感”体验丧失，传统的“差序格局”向“工具性差序格局”过渡，村庄共同体和家族认同单位向原子化趋势演变。价值观的扭曲造成了农民精神世界的荒芜和伦理道德的失范，突出表现为消费主义的泛滥、工具理性的膨胀、面子竞争的异化，使农民感情和心灵处于虚空状态。在一些农村出现了铺张浪费、炫富攀比、天价彩礼、大操大办、薄养厚葬、重幼轻老、封建迷信、赌博败家等乡风陋习开始蔓延，思想政治工作对象呈现分众化、圈层化、离散化的倾向，加剧了开展工作的难度。