Y研究所自实施全面预算管理以来，能较好发挥全面预算引领作用，基本能够实现年度目标。但在预算实施过程中经常遇到阻力，各管理层对预算作用重视程度不高，导致预算未能发挥强大作用。主要存在以下几方面问题：
1、预算管理认识不足
全员预算管理意识不足，通常认为全面预算仅仅是财务部门的事情，“上热下冷”导致经常推行工作不顺畅，预算编制与执行也只是浮于表面，日常监控略显无力，预算指标未落实到基层部门，基层员工参与积极性不高。
2、预算组织架构不健全
仅按照职能划分在全面预算管理中角色，组织层次较多，增加沟通成本延长沟通时间，而且导致“各自为营”，未从企业整体大局出发，弱化企业组织功效。
3、预算管理流程不规范
未形成规范统一的管理模式，导致预算整体流程混乱，各部门仅仅为敷衍了事，预算考核缺失更是让预算监督控制流于形式。
4、预算控制单元粗放
预算控制单元设置比较粗放，指标分解未层层落实，与具体业务有些许脱节，导致预算管控效果不理想。
总体来讲，Y研究所全面预算管理还停留在初级阶段，还需要进一步深化推进，细化预算管控模式，更好发挥预算引领与纠偏作用。