王元启《读欧记疑》现仅知有两个本子传世：一是清抄本，五册五卷，藏于国家图书馆；另一种为民国十四年（1925）汪大钧刻本，即食旧堂丛书本，分别藏于国家图书馆、上海图书馆、南京图书馆、浙江图书馆等。该版本二册五卷，半页十一行，行二十字，小字双行同，上下粗黑口，左右双边，有界，无鱼尾，版心中题书名、卷次及页数。本文采用的是食旧堂丛书本，该版本后被影印收入《丛书集成续编》。
王元启整理的《读欧记疑》，正文为五卷，编次的内容分别为卷一《居士集上》的赋、杂文、论、经旨、诏册、神道碑铭、墓表、墓志铭；卷二《居士集下》的墓志铭、行状、记、序、传、上书、书、策问、祭文；卷三《外集》的颂、章、论、经旨、碑铭、记、序、传、书、策问、祭文、谱、记、杂题跋，另取《易童子问》《表奏书启四六集》；卷四取《奏议集》；卷五取《濮议》《归田录》《集古录跋尾》《书简》。
王元启于《读欧记疑》卷首云：“《正集》外但有七种，然苦编次无序，其最不令人意者，《外集》文最芜杂，兼多伪作。”因此，王元启“痛加删汰，存其什之二三，以附《正集》之后。”《读欧记疑》大多数情况下用〇将篇题与正文隔开，摘取正文若干文字大书，评注与校勘文字以双行小字夹注于下。《读欧记疑》卷五之末有“丁未三月二十五日，不孝男尚钰泣血谨识”，考“丁未”为乾隆五十二年（1787），知王尚钰于王元启殁后一年“苫次比录”。另据王尚钰所言可知，王元启于《读欧记疑》前两卷手录定本，后三卷则为稿本。