近年来，虽然宁德市的营商环境建设取得了巨大成绩，在推动经济高质量发展过程中发挥了重要作用，但也存在一些问题，如企业融资难、政府职能转变慢、要素供给存在困难、人才保障能力不足等等，这些因素短期内难以改变，已经成为制约宁德市经济高质量发展的重要瓶颈。
（一）企业信贷获得困难
从全市角度来看,对于中小企业的扶持更多的是偏向于基建类型的大项目。在资金支持力度方面,政府对中小企业在财政及融资方面的扶持偏少，仍存在银行为了规避风险、提高收益，对企业特别是中小企业的融资设置较多的门滥。从企业自身层面来看,还存在诸如项目准备不完善、手续不齐全和不了当前经济有关政策等情况；一些企业往往只是为了获得相应的短期信贷，并未做长远的发展规划,从而使其失去了进一步获得财政和信贷支持的资格。2020年宁德市仅有30%的企业入驻“全国中小企业融资综合信用服务平台宁德站”和“金融云”平台，80%的企业作出信用承诺。
（二）政府职能转变慢
不少政府机关工作人员的工作态度还存在与发展态势不相匹配的现象。在办事群众和企业面前，政府机关工作人员的服务方式和工作机制还不适应新时代新发展的要求。一些地方的各类公共服务平台仍不完善，缺乏共享数据和信息平台，部分工作人员缺乏相应的专业知识，服务态度差，服务方式单一，导致群众满意度偏低。据统计，2020年全市“一趟不用跑”的事项，仅占比65.1%，而且工程建设项目审批时间还需90个工作日，交通工程项目和全市农村公路建设项目需55个工作日完成审批。
（三）要素供给存在困难
在资金方面，随着产业的快速发展，社会事业的短板越来越突出，想干要干的事情也越来越多，但是由于相关政策的逐步收紧和地方政府债务的严格管理，筹集资金的渠道收窄，给企业发展造成了一定程度的影响。在技术方面，在宁德四大主导产业的产业链中，还有一些核心链条、关键环节没有打通，有些产业的核心技术还被其他国家掌握，存在受制于人的风险。比如，隔离膜是锂电材料中技术壁垒最高的核心材料，但是目前它的关键技术主要掌握在美国、日本等发达国家手中，一旦对方停止供货，那么锂电行业就存在发展滞后的风险。在用地方面，要素保障压力大，尤其是环三都澳区域产业集中区可用地少，同时受到用海审批政策影响，宁德核电5#6#机组、不锈钢产业园区一批重大产业项目及配套基础设施项目推进受阻，溪南工业园项目落地因农保地、基干林等原因也受阻。
（四）人才保障能力不足
目前，虽然宁德职业技术学院的师资、设施配备能力较好，但与福州、厦门职业技术学院相比还有一定差距，培训内容多属于初级技能培训，无法满足高新技术企业的用工需要。宁德目前人才仍比较紧缺，主要有两个方面：一方面是高端人才留不住，现有的人才政策还不够吸引人，公共基础设施还不够完善，特别是优质教育资源短缺问题相对突出。另一方面是产业技术工人短缺，很多企业都不同程度存在招收技术工人困难的问题。目前宁德四大产业的技术工人中有80%是来自外地的。许多高新科技企业存在人才不足问题。如寿宁三祥新材股份有限公司，截止2020年底，仅有2名博士、4名研究生参与研发生产特殊材质氧化锆的研究。可以说，高端人才和技术工人的缺乏，对推动宁德产业高质量发展具有一定制约。