（一）研究生流动党员管理不到位
随着高等教育改革的深入，高校基层党建工作的重要性愈发突出。习近平总书记指出：“加强党对高校的领导，加强和改进高校党的建设，是办好中国特色社会主义大学的根本保证”。高校学生党建工作作为高校培养社会主义接班人的力量保障，肩负着重要使命。思政教育的重要性给高校的党建工作开展提出了更为严格的要求，工作力度随之增大，此外，高校党务方面的日常工作内容较为繁杂，从开学季新生党员材料的核查、组织思想政治理论学习和支部活动的开展、发展党员工作的开展、到毕业季党员档案的整理和党组织关系的转接等日常工作应接不暇……在繁忙的党务工作压力下，选择性的“睁一只眼闭一只眼”，致使研究生流动党员的教育和管理工作得不到应有的重视，进而停滞不前；此外，由于研究生流动党员在学生党员中占比相对较小，尽管在教育和管理方面存在疏忽，但并不影响整体工作的开展，因此，高校也并没有对研究生流动党员的“特殊性”予以足够的关注。
（二）研究生流动党员管理制度不系统
制度，作为管理活动有序运转的重要保障，对于人的行为会起到一定的约束作用，在制度的影响下，人们更趋向于遵守以及约束自我[9]。当前，高校的党建工作中对于流动党员的教育和管理并没有完善的制度体系，亦没有针对党员在外流动期间的培养方案，当研究生党员因调研或实习在一段时间内处于“流动”状态时，便无法参与日常的组织生活，缺乏管理制度的监督和约束，认为只要履行相应的请假手续即可，因而对自我的要求下降，对于党员身份应当承担的责任和义务认识不清。这种因疏于管理而产生的惰性，同样会影响到流动党员返校后参与组织生活的积极性。
（三）研究生流动党员双向沟通不顺畅
当前高校学生党员的管理缺乏专人负责，学生的思政和党建工作通常由辅导员老师兼任，而辅导员日常管理方面承担的工作量，使他们无法全身心的投入党建工作。尽管教育部出台了《普通高等学校辅导员队伍建设规定》中提到，高等学校应按总体上师生比不低于1:200的比例设置专职辅导员岗位，但由于辅导员岗位缺口较大，师生比远高于这一比例，学生数量较多，工作量较大，辅导员在党支部管理方面投入有限，不能准确、及时的掌握流动党员在外的思想和工作方面的动态；此外，流动党员在外调研或实习期间，由于党支部活动参与度减少，导致流动党员和在校的师生党员之间的沟通次数和沟通频率下降，加之没有严格的制度要求，他们也并没有向党组织汇报思想和工作方面进展的主动性和积极性。
（四）研究生流动党员归属感不强烈
作为学生党员，研究生流动党员的党龄相对较短，在流动期间缺乏有效的制度管理和思想教育，流动期间无法参与组织生活，导致部分研究生流动党员的思想状态受到影响，出现党性意识淡薄，先锋模范作用缺失、自我要求标准下降等问题，长期“游离”于党组织管理之外，党组织的凝聚力作用也逐渐减弱……这些因素都会影响到流动党员归属感的建立，加之流动期所接触的内容不同、环境不同，流动期间的工作和生活方面也存在很大的变化，这些变化并不能得到及时有效的沟通和反馈，导致流动党员产生懈怠心理。
（五）研究生流动党员党支部建设的缺失
研究生外出实习期间，因参与的项目或实习单位不同，实习地点、实习内容及实习时间等方面都存在着或多或少的差异，如何针对不同的流动情况进行针对化的管理，是研究生党建工作中需要探索的问题。
根据《中国共产党支部工作条例（试行）》第二章第五条内容，流动党员较多，工作地或者居住地相对固定集中，应当由流出地党组织商流入地党组织，依托园区、商会、行业协会、驻外地办事机构等成立流动党员党支部。研究生正式党员3人以上，需要在某一实习地点进行较长一段时间实习的，可以通过建立流动党员党支部来加强教育和管理。现阶段，多数高校并没有将流动党支部的建立纳入管理体系中去，已有的关于流动党员管理的研究中也较少提及流动党支部的建设。事实上，流动党支部的建立能够有效的弥补流动党员在外的教育和管理问题，建设流动党支部，构建有效的流动党支部管理机制，是高校党组织可以付诸于实践的一项有效措施。