由于外部环境和内部因素对实验室的检测技术和管理要求越来越高，我们应充分认识到目前实验室建设与发展中存在的问题。
（一）外部环境的挑战
1、客户对实验室检测质量、时效和服务要求越来越高。外贸服务、建设公共技术服务平台和扩大业务的需要，委托对象和委托项目越来越多，要求实验室开发更多新的检测项目；为帮扶国内产品出口，要积极应对国外技术性贸易措施；同时检测报告面对国抽、省抽的第三机构实验结果挑战。
2、实验室检测市场竞争越来越激烈。国外检验技术机构竞争力强，其灵活的机制、先进的管理、良好的技术，已在中国检验检测市场占得先机。而且国内市监系统实验室与海关系统实验室检测业务有重叠，在开放竞争的检验市场中，市场意识不如国内机构，品牌影响力不如国外机构。
3、实验室检测主体业务受宏观政策的影响大。法检制度改革、法检目录大幅压缩，出口工业品原则上不再实施法定检验——法检目录调整、进出口商品检验监管方式转变和政府职能转变直接导致检验检测实验室部分主体业务的流失。
（二）自身发展的滞后
1、管理体制受限，市场意识薄弱
大多数基层实验室挂靠在省级或省内有资质的技术中心之下，没有独立法人资格，接受双重管理，即人员编制在省级技术中心，日常管理在隶属机构。受行政管理的干预较多,而且又缺乏激励机制，必然导致工作效率不高、发展后劲不足。国内海关系统实验室主要为了海关业务自身服务，检测业务依托于海关业务，最大的客户就是本隶属机构，在市场开拓方面相对较薄弱，而大多数基层实验室，由于没有独立法人资格，隶属机构对实验室工作重视还不够，这种情况更加严重。
2、运行经费不足，人员队伍不稳定
实验室运行经费保障不足，在人员待遇、设备设施更新、培训交流等方面受到局限。由于缺乏成本核算机制，容易导致重复投资和重点投入不足；缺乏激励机制，难以形成优胜劣汰、人才流动机制，容易造成干多干少一个样的平均主义和人浮于事的现象，较难吸引和留住高素质人才。近年来，部分实验室年轻优秀人才外流，而招录和引进的高学历人才较少，科技人员老龄化严重，年轻的新鲜血液不足，部分实验室出现人才断层现象。特别是基层实验室，高级技术职称评聘较困难，作为一个检验检测实验室，无法对外展示实验室实力。
3、专业人才缺乏，科研水平不足
现在实验室还是按部就班检测，呈现老设备、老方法、老人员的“三老”现象，缺乏多专业的创新型人才：既要熟练掌握检测技术，又要善于实验室管理，还有精于市场业务开拓。由于基层实验室对外交流机会较少，专业技术人员的知识体系更新缓慢，又忙于日常事务，
再加上科研工作缺少激励机制，造成专业人员科研积极性不够，研究创新能力较低,有效性的科研成果较少，比如论文、专利、标准等，难以达到职称的基本要求。