心理育人在我国最早体现在医院的心理咨询与治疗中，主要借鉴国外心理学理论，具有浓烈的医学色彩，1988年前有少部分高校尝试开展心理咨询，1988年6月在上海召开的首届咨询教育理论与实践研讨会并筹备了高校心理咨询研究会，作为高校心理育人的标志性起点，对于高校开始心理育人具有标志意义。值得注意的是，该会议筹备和组织的出发点更多是对高校思想政治教育工作的进一步探索，因此参与者更多是思想政治教育人员，当时，参与心理咨询中心创建的，70%以上人员是思想政治教育工作者。正因为如此，高校心理健康教育从诞生之日起，就带有浓郁的思想政治教育色彩，此时的心理育人集中体现在心理咨询与治疗，形成了心理干预专业性人员缺乏和非专业性人员主导之间的矛盾。心理育人从开始起就受到马克思主义中国化理论和西方心理学相关理论的交互影响。1990年 11月底，在北京师范大学召开了中国心理卫生协会大学生心理咨询专业委员会成立大会暨第一届学术研讨会，标志着我国高校心理咨询事业进入了一个有组织的新发展时期，紧接着，有越来越多的高校认可心理咨询，并成立学校的心理咨询中心。
1994年颁发的《中共中央关于进一步加强和改进学校德育工作的若干意见》把健康心理素质作为学校德育工作的重要课题，并提出“灵活使用各种方式对不同年龄的学生进行心理健康教育和指导，提高学生心理素质，健全学生人格，增强抗挫力、和环境适应能力”。于此文件同步，心理学相关指导理论转变为以发展性理论为主，诸如精神动力学理论为主转化为教育心理学相关理论为主，尤其是皮亚杰认知论和维果斯基教育理论的引入，文件还对心理育人的方式方法和具体内容做了深入阐述。心理育人已经从心理咨询与治疗拓展为心理健康教育，育人范围从个别辅导转化为全员育人，一定程度上缓解了专业性人员缺乏和非专业人员主导工作之间的矛盾，于此同时出现新的矛盾，即心理育人方式的单一性与育人的全面性，多样性之间的矛盾，心理育人方式仍是以被动的谈话和咨询为主。1995 年国家教育委员会颁布试行《中国普通高等学校德育大纲》，把“心理健康教育”作为 10项“德育内容”中的一项，并提出要“加强心理健康和心理素质等方面的咨询与指导”。2004年中共中央、国务院颁发的《关于进一步加强和改进大学生思想政治教育的意见》进一步明确规定，把心理健康教育视为思想政治工作的重要组成部分。2005 年，教育部社会政策法规司1 号文提出 “高校要面向全体大学生，做好心理辅导和咨询工作。通过个别咨询、团体咨询和电话咨询等多种形式，为大学生提供高质量的心理健康指导与服务”等相关要求，该文件更加全面的提出了高校心理育人的方式方法。