(一) 医学模拟中心建设成本与运行成本过高。
介入模拟训练系统的采购和维护费用较为昂贵，因此目前以低层次的模拟类型为主。虽然模拟系统的费用昂贵，但充分利用该系统后却能够提高培训效率，节约医疗成本。随着计算机技术的不断发展，介入模拟训练系统将取得更多的改进和成本控制，该应用将越来越广泛。
(二) 当前模拟器的最大问题是仿真度欠佳。
一方面，设备的实时感应装置可能会有一定误差，无法精确传递介入器材的实时位移和旋转。另外，设备的触觉反馈与真实操作有一定的差距。因此，图像与操作系统在实时性、模拟准确性方面不能真实还原介入操作。但随着相关设备的改进和迭代，以及工程学的进步，该问题会得到良好改善。
(三) 当前模拟器不能模拟IR全部场景。
与其他学科的SBME不同，IR的一个特殊挑战是在于，IR涉及全身每个系统，需要的场景范围要大得多。目前IR的SBME系统通常仅适配少数场景，无法做到全身所有系统、所有疾病适配。另外，模拟器的广泛适配将增加建设与运行成本。
(四) 理想的SBME培训程序尚未确定。
第一，目前还没有足够的客观证据来专门针对IR进行模拟训练。尽管SBME对初学者和有经验的从业者都显示出好处，但是有证据表明，随着学员对程序的熟练程度的提高，学员收益会递减。因此，还需要进一步的证据以取得培训时间与学员最高收益间取得最佳值。第二，SBME的适用人群尚未完全确定，有研究建议血管外科手术包括在入职时进行强制性模拟训练，并建议在整个训练过程中继续使用SBME。有证据表明，新手和高级从业人员都可以进行模拟培训。随着SBME在IR中应用的推广以及应用数据量的积累，这些问题将很快得以解决。