虽然在2016年12月全国高校思想政治工作会议上针对课程思政改革明确了方向，提出了要求，但目前仍处于初步探索阶段，相关的制度建设不完善，教师能力难以胜任课程思政改革工作等问题任然存在，高校课程思政缺少可复制可推广的实施路径。
1“课程思政“理念认识不足，贯彻不到位
课程思政当前并没有得到广大教育工作者的普遍认可，相关科研成果较少，评价机制、制度建设、管理体制尚未健全，甚至有教师对课程思政存在疑虑，尽管课程思政提出已有几年时间，但是高校大部分教师没有认识到课程思政建设的紧迫性，在课程教学中育人效果仍然不理想。
体育课程思政的学者对该问题也展开了相关研究。有学者指出，体育课程未能正确认识知识传授与价值引领之间的关系，部分教师对课程思政认识不够，甚至有教师将自己置身事外顽固的认为其应该是政治教师的事情，体育课仍然存在着重技术技能传授，轻价值引领的倾向，评价过程中重视技术、体能，轻学生情感、价值观的评价等现象。
上述学者以不同学科的视角对课程思政理念贯彻问题分别进行了分析，但现有大部分学者将课程思政理念贯彻不到位归咎于专业课教师的认识不足，却未认识到高校党委的主体责任。
2教师思政能力的困境
陈磊，沈杨等提出，一些教师不知道如何将思政元素有机融入课程教学，生搬硬套，不仅没能发挥课程育人的功能，反而将课上的“两不像”，杨建超通过对江苏12所高校教师进行调研发现非思政课教师在思政元素的理解与运用十分欠缺。赖金茂、赵浚[等指出，专业课教师普遍缺乏育德意识和能力，表现在专业课程思政元素难以挖掘、对于思想政治理论认识有限等。
潘宏波、何忠等学者认为，大部分体育教师缺乏开展课程思政方面的理论知识，缺乏将思政元素融入到体育课程的能力。钱慧文、许娆娆等学者指出，传统的体育教学方法已不能适应体育课程思政的需要，教师缺乏教学理念的转变及教学方法的创新。
上述学者就不同科目教师的思政能力进行了研究，得出了类似的结论：但多数学者缺乏实证调查与数据支撑，应该以科学严谨的调查与数据对当前存在的问题加以说明，使结论更具有说服力。
3制度建设的问题
3.1协同育人制度存在的问题
目前高校部门、学院之间缺乏协同育人的意识，协同育人机制建设不完善，协同育人实践不多，导致育人合力尚未形成，加之顶层设计缺失，领导机制尚未健全等问题导致部分高校部门之间、院系之间缺乏联动，育人效果不理想。
相比之下，体育课程思政对于该方面的研究还有所欠缺，尽管有学者提出了学校各部门，各学院之间应该加强交流合作的实施路径，但对于当前体育课程思政建设协同育人制度方面存在的问题却未说明，在一定程度上也反映了体育课程思政的学者对这方面问题的认识不到位。应该看到，一些出现在其他课程建设中的问题，有可能体育课程思政建设也存在，应该积极借鉴其他学科课程思政建设的经验，再结合本学科的知识架构特点，从而避免在课程思政建设中走“走弯路，跌跟头”。
3.2评价机制存在的问题
课程思政的落脚点要落到学生的思想政治素质发展上，具体涉及态度、情感、意志、价值观等方面的评价。由于态度、情感、意志、价值观等方面的评价“看得见，摸不着”，很多教师不知道如何对课程思政教学进行评价。另一方面对于教师的课程思政教学效果的评价也遇到了同样的问题，如何对课程思政进行评价成为当前亟需解决的问题之一。
目前，课程思政评价存在着思政内容与过程难以指标化，评价注重量化且形式单一，忽视学生思想道德素养的整体评估，仍然存在重专业知识评价，轻思想道德评价的倾向，另一方面，对于教师的课程思政评价制度也存在诸多问题，大多数高校对教师的评价仍然是重科研、重教学成果，忽视了对教师在课堂上的育人效果的评价，顿挫了教师参与课程思政改革的积极性。
一些学者指出了体育课程思政的评价机制存在的问题。有学者指出，高校体育课仍然存在重视课程评价，轻视思想政治教育评价，评价体系仍处于“两张皮”状态，在教师的评价体系中，同样存在重业绩考核，轻育人效果考核的倾向，同时，监督与保障机制的缺失也是评价机制中存在的问题。
虽然上述学者就不同的学科在课程思政评价方面的问题进行了阐述，但学者们没有认识到学科之间的差异性决定了其评价方式应该结合本专业的办学特点进行有针对性的制定，评价方式、理念都应该紧密结合本专业学科特点进行科学制定。