在新职业教育方法的实践中，2000年之后就开始了对现代学徒制的探索实践。十几年的探索实践发现了很多实际问题，最典型的就是“两冷两热”即“学校、学生冷，企业、政府热”的问题。在高科技制造业中却出现新老技工青黄不接，新技工素质不过硬问题，这反应了我国职业教育与普通教育的失衡现状。各方的利益冲突与矛盾具体来说有：
（一）学校与学生之间的冲突
在传统学校教育中，学校对学生的权威建立在严格的“授业解惑”上，教师与学生之间几乎没有直接利益交换，这种自然的、约定俗称的“教授与接受”关系在师德的约束下有序进行，即使出现了权力越界的行为，也会被解读为“严师出高徒”，其根本原因在于双方没有利益冲突。而在职业教育与现代学徒制的语境下，这一关系却被突破了。学校将学生派遣到企业当学徒，在事实行为上属于劳动派遣，校方提供了劳动力，而企业接收了劳动力，理应形成双方雇佣关系。但这种行为在学校中往往以“教学”的名义开展，企业的与学校之间存在的利益勾兑，压榨学徒工的现象常有发生，这样一来，学生的合法权益便难以保障，学校的权威性也将受到质疑。
（二）学校与企业之间的冲突
企业是利益驱动的，学校是半利益驱动的，两者在核心经营逻辑上的差别使得二者在对待现代学徒制这一校企结合制度时的立场大不相同。企业希望通过师傅传授的技术操作将学生培养为半熟练工服务于企业，而学校则希望学生在企业中习得综合能力素质服务于学校的人才培养需要。课业的安排和技术训练的协调工作不能较好的进行衔接，两个权力机构共同行使权利的同时必然引起较大的冲突。
（三）师傅与企业、学校之间的冲突
在学徒制教育中，对于学校教师的定位各方都比较清晰，但是在企业中扮演“师傅”角色的企业员工定位，却一直较为模糊。而“师傅”的角色在现代学徒制的实施过程中，极为重要，师傅的教学能力直接影响了职业教育的成效。而实际操作中，学校几乎将所有在师傅环节的选拔、任用、监管权限都移交给了企业，但企业在师傅对徒弟培养的层面上却没有很好的保障制度，绩效考核方面没有完善的评估体制，导致师傅与学校、企业之间必然存在着矛盾。
（四）学生与企业之间的冲突
现代学徒制中，企业和学徒的关系是一种包括教育、雇佣、服务等在内的多重关系。在现代学徒制实施进程中，学生在企业从事生产性劳动，能够创造一定的生产价值；但学生不是正式的员工，不能享受到正式员工的福利待遇和劳动法律法规的保护。如果企业试图侵害学生利益，学生处于弱势地位。其次，企业并不对学徒的未来发展承担责任，学徒如果不能留用在企业中，学习的技能又不具备通用性，那么现代学徒制的教学对于学徒的就业几乎没有帮助。因此在学生和企业之间的关系纽带风险非常大，存在的固有矛盾也非常严重。
在实践中发展的现代学徒制，在中国遇到了水土不服的问题，各方之间存在的矛盾是利益冲突的缩影，因此对于现代学徒制的人才培养模式进行优秀的顶层设计，制定配套的政策制度，才能够助推其在中国的职业教育体系内绽放光彩。