首先，生源质量问题。近年来，人口出生率下降，教育适龄人口减少，出国留学人数增加，国内高校可招收的生源总量在萎缩，同时，公办高校设立独立学院、开设新专业、扩大招生规模，挤压了民办高校的生源空间。部分农村藉学生，因学费、就业前景等问题，不看好高等教育，选择打工赚钱。目前，民办高校可招收的生源少、质量低，影响了高质量发展。
第二，管理质量问题。目前我国部分民办高校实行家族式管理。家族式管理是家族成员占居学校关键岗位，对学校享有控制权、资产受益权、继承权的一种管理模式。家族式管理与我国政治、经济、社会、文化有着密切的关系，其有有利的一面，也有不利的一面。从有利的方面来说，家族化管理在学校初创阶段，有利于快速决策，降低成本，解决办学难题；从不利的方面来说，家族化管理，不符合现代高水平大学发展的需要，不适应现代大学科学决策、民主决策、共同治理、合作治理的管理结构和发展趋势，不利于广开言路，广纳贤才，实现高质量发展。
第三，办学特色问题。总体上，民办高校办学规模大，办学特色不明显。民办高校走的是规模发展道路，一边扩大校园规模，包括创办新学校、扩大校园面积、吞并其他学校；一边扩大生源规模，招收多种类型的学生，包括第二学位学生、“３+１”自考生、专升本学生、单独招收学生等。在规模扩大过程当中，为了适应市场需要，招收更多的生源，不顾长远发展，频繁更替学科，设置热门专业，造成多所高校都设置相同专业的情况，使这些高校都没有自身的学科专业特点。民办高校办学历史短，物质文化建设不足，精神文化底蕴不深，校园学术活动少，精神文化活动水平不高，学生社团活动缺乏有效的规范指导，这使民办高校的校园文化也没有自身的特点。没有特色影响了知名度的提高，也影响了高质量发展。
第四，经费来源问题。民办高校是家庭或企业创办的，30多年来，主要依靠自筹经费进行建设与发展，而且学费是主要的办学经费来源，学费占办学经费大都在85%以上，有的学校甚至达到100%。学费收入有限，国家投入经费少，社会募集困难。有限的办学经费仅够支持教职员工工资、维持教学运转和基本的办学条件，没有足够的经费进行教育创新、教学改革、改善办学条件。走“以学养学”的单一经费筹措之路，束缚着民办高校的高质量发展。