我国高校创客教育处于初步探索时期，存在创客文化氛围不够浓郁、创客课程体系不成熟、专业创客师资少和创客空间生态建设不健全的关键问题。
（一）我国高校对创客教育重视不足，没有形成浓厚的创客文化氛围
创客文化源于技术的DIY文化、黑客文化等其它文化，创客文化对创客教育的发展有十分重要的作用。随着我国创客数量不断增加，高校创客教育得到一定程度发展，但我国高校对创客教育的重视程度不够，校园创客文化不够浓郁。主要表现在：第一，创客文化的培育理念有待进一步转变。高校创客教育的目标定位与大学本身的目标定位未较好的融合，大学仍以教授学科理论知识培养学生的专业能力为主要目标，对创客素养的提高认识不到位。第二，创客文化的培育载体有待进一步优化。除在创新创业中心和创客课堂外，培养“创客文化”的创客空间还占少数，发展模式相对单一。第三，创客文化的培育环境有待进一步优化。高校创客教育目前处于探索阶段，无论在整体的宣传上还是各自开展的研究，都没有形成和建立完善的理论体系和易于操作的推广模式，使得创客教育的教育理念渗透不足、传播不广，没有在高校形成浓厚的创客文化氛围。因此不难看出，高校对创客文化理念存在认知偏差，需要有科学的普遍范式来正确指引创客文化培育理念的进一步转变。
（二）创客课程体系不健全，需要进一步完善构建
创课是开展创客教育的“支点”，是整个课程体系的重要力量。我国高校创客课程处于零散探索阶段，特别是对如何设计与开发创客课程的研究还极为缺乏。创客课程体系不健全，缺乏系统性、阶段性和延展性，课程教学内容较零散，知识点联系不紧密，课程设置随意而失序。Herschbach提出，创客教育如何在打破的学科之间取得平衡，建立新的课程结构，对一线教师和政策制定者提出了新的挑战。国内学者提出“专创融合”理念，意图打破学科之间固有界限，从侧面看出，学校的创新创业课程开展的轰轰烈烈，专业学院却无动于衷，学校没有将专业课程、常规课程与创新创业课程进行有机结合，创新创业课程仍在单打独斗。虽然不少高校开发了创课，但从实施效果来看，创课无指定课程大纲和相关教材并未正式进入课程体系。高校大都以创新创业课程或者校本课程呈现创课，对创课理念定位模糊。创课课程评价没有适用的教学评价工具和评价方案，具体表现为因循守旧的评价方式、单一的评价关键点和评价要素，难以评价课程目标的实现程度，对创课的实践效果和学生对创客项目掌握程度的测评存在一定难度，也就无法科学衡量创客教育成效。因此，高校需要进一步构建完善的创客课程体系，为创客教育发展打下坚实基础。
（三）缺乏优秀的创客导师，创客师资队伍尚待充实
教师，是指导和推进创客学习的主导者，是推进高校创客教育发展的重要力量之一。Amy Hachigian指出创客教师在创客教学活动中扮演着复杂角色，并随着环境和学生需要的变化而变化。专业创客教师数量少，其它学科领域的教师对创客教育的认同和关注度低是高校创客教育体系内部面临的突出问题，主要体现在创客教师人数少、专业素质低及队伍不稳定这三个方面。创客教师需要具备较高的跨学科知识素养、较强的专业技术素养、创新意识和创新能力素养、科学乃至艺术素养等综合素养，这让成为专业创客教师难度极高，并使单一学科的专业教师望而止步。我国师范类院校几乎没有专门开设针对创客教育，培养创客师资的专业，少数地区虽然针对教师开展了专门的STEAM教育培训，但由于教师本身缺乏系统的学科综合知识与创新、创造实践能力，这一举措在短期内仍然很难培养出大量合格的STEAM师资。因为专业教师数量少，客观上又导致创客教师多为兼职，队伍不稳定。创客教师在数量和质量方面仍有较大提升空间，是推动创客教育向前发展的关键节点之一。