(一)苗药储存量有限，苗药种植分散、质量参差不齐、产量低。
贵州的苗药资源种类虽然丰富，但是不少苗药仍主要以野生采集为主，而随着贵州苗药产业的蓬勃发展，对野生药材资源的需求量的激增，过度的采摘导致环境破坏、生态失衡、生物多样性的减少，而且不少野生药材的生存受到严重的威胁，部分野生药材甚至濒临灭绝。这不仅不利于贵州苗药的传承，而且进一步制约了贵州苗药的可持续发展。
近年来，虽然开展了不少野生药材的家种、家养的研究和生产，但由于农户缺乏专业知识，没有经过专业化培训，导致药材产出的质量差异大，产量低，而且种植分散，难以形成规模。
(二)苗药药材标准还需进一步完善，苗药理论还需进一步整合。
虽然已经有《贵州省中药及民族药材质量标准》、《贵州省中药饮片炮制规范》等标准的问世，但不少问题并未厘清，现行标准大多只是对药材的来源、性状、鉴别、用法与用量、性味与归经、功能与主治、贮藏等常规项目的描述，并没有对含量测定、薄层鉴别、浸出物、检查等项目作进一步的规定。
除此之外，由于苗族聚居地比较分散，苗药口耳传承方式的限制，少数民族相互混居，导致各地苗医在苗药理论存在分歧，也造成了苗药市场资源的混乱，比如“一药多名”、“同名异物”、“同物异名”的现象十分普遍，这些现象为苗药标准的制定以及苗药的鉴别带来了一定的困难。
(三)苗药专业人才缺乏，苗药科研仍然薄弱。
苗药与西药、传统中药有一定的区别，而且由于苗药的地域性和民族性，相对应地，苗药产业所需的人才也比较特殊，不仅要具备现代西方的医药理论、中国传统医药理论，而且也要具备相关苗医、苗药的知识。因此，苗药专业人才的培养存在一定的困难。除此之外，由于社会缺乏对苗医、苗药的正确认识，客观上也制约了苗药专业人才的培养。
目前贵州省从事专门苗药研究的高端人才较少，导致苗药科研力量薄弱，研发出来的产品技术含量不高，药材和新药的开发不能产生品牌效应。除此之外，受质量控制水平不高、生产工艺相对比较落后等诸多因素的影响，直接导致苗药产业生产规模小，市场占有率低，制约了贵州省苗药产业化的深化发展。
(四)苗药专利保护面临困境。
专利是保护药物知识产权最有效的一种方式，有了专利的机制保护，不仅可以促进药物的研发，而且对苗药的市场开拓也起到积极的作用。2002年，贵州省出台了《关于加强中药行业知识产权工作的若干意见》。此后贵州苗药的专利申请总量、增长幅度位居全省各行业之首。但是在苗药专利的开发和保护还是存在了一定的问题，中药和西药分属两套不同的理论体系，在审核苗药专利的时候仍然采用的是西药的模式，苗药的专利保护势必会陷入困境。除此之外，现有专利法保护的主体、对象、制度等方面很难满足苗药的需求，对于苗药专利侵权的认定也会存在一定的困难。