《破戒》描述的是一个出身部落民的小学教员——濑川丑松，他牢记父亲的告诫，一直隐瞒着自己的出身。因为一旦暴露，他将被赶出学校，难以在社会立足。他的内心充满了对社会歧视和偏见的不满，也充满了隐瞒出身的自责。愤恨和自责交织在一起，使他陷入无比痛苦之中。他缺乏勇气站出来公开自己的出身，并将对志保小姐的爱意深埋入心底。他十分崇拜猪子莲太郎先生，猪子莲太郎先生虽是部落民出身，却敢于表明身份，敢于同世俗作斗争，向封建残余开战，用自己的品行和学识向世人证明“秽多”和其他人是一样的，部落民不应受到社会的歧视和压迫，这使得丑松深受鼓舞，也得到慰藉，但他仍缺乏公开身份的勇气，甚至曾因内心的矛盾和烦恼，想要寻死。就在丑松终日为这一矛盾而痛苦时，接到了丧电，于是返乡为父亲奔丧。
在归途中，丑松遇到了莲太郎以及与他同行的议员候选人市村。面对这位前辈，丑松极其渴望能在他面前吐露自己的身世，但未能如愿。在这次归省中，丑松得知了一个秘密：政客高柳利三郎是因为遇到了经济问题而娶了部落民新贵六左卫门的女儿。而利三郎也从妻子那里得知丑松也是个“秽多”，便访问了丑松的住处，提出互为双方保守秘密。然而丑松并没有答应。在父亲葬礼结束后返回饭山的丑松陷入了更深的矛盾中。不久，丑松是“部落民”的消息便在学校里不胫而走。而丑松的好友土屋银之助并不知道丑松是“部落民”，为其向校长进行辩解……此时，市村和莲太郎一行来到丑松所在的饭山进行竞选演讲。丑松原打算利用这次机会，向前辈吐露自己的心声，然不曾想，11月30日，莲太郎因在声援市村的竞选演讲中揭露了高柳利三郎的卑劣婚事一举，在演讲结束后惨遭高柳一派的刺杀身亡。丑松失去了向莲太郎吐露心声的机会。在莲太郎的光辉感召下，丑松坚定了坦白自己真实身份，像个男子汉一样度过一生的决心。第二天，丑松便跪地匍匐为隐瞒出身一事向学生道歉，并告白称“我是秽多”，辞去了教职。就这样，丑松终于冲破了束缚自己真诚灵魂的戒条，破除了亡父的告诫——“破戒”。“破戒”之时即是被社会抛弃之日，不得继续任教，只得向黑暗势力低头，同自己心爱的姑娘分别，奔向美国德克萨斯州。
关于《破戒》的主题，本就众说纷纭。有读者认为该作品是一部“社会小说”，岛崎藤村透过濑川丑松、猪子莲太郎、仙太、大日向的阔佬等人物角色描写了明治时代的“新平民”的悲哀，也通过风间敬之进、风间敬之进的妻子、风间敬之进的女儿志保姑娘等人物角色描写了普通百姓悲惨的生活状态。或是塑造受歧视的部落民丑松这一形象、描写其内心的悲哀、同情生活在底层社会的人物、厌恶小说中的权贵官僚等，表明对当时社会的批判。亦有读者认为这是一部作者的“自我告白”小说，作者将自己内心隐秘之事通过塑造丑松这一特殊人物加以客观化，着重描写是隐瞒还是告白的精神苦斗的过程。但笔者认为这两者是不可分割的，正是因为社会对部落民的歧视，才导致了丑松的精神苦斗。小说正是把对社会封建观念的斗争转化为了丑松个人内心的苦斗。作为逃往美国的移民这一失败的结局，也暗示着无法打破封建壁垒只好逃避的无奈之举。