（一）全面预算管理及预算绩效管理意识不足
预算绩效管理是建立现代医院制度的内在要求，是提升医院管理水平的重要举措，然而仍存在对预算管理认识不足的现象。一方面，公立医院对全面预算管理的重要性认识不足，大部分医院全面预算执行结果未能与业绩评价考核挂钩，导致预算重编制、轻执行。另外，预算项目的调整随意性较大，无法起到预算的刚性约束作用；另一方面，对预算绩效评价的必要性认识不足，预算绩效管理理念不够深入，预算绩效评价制度或体系还未形成。
（二）预算绩效评价范围不全面
从预算绩效评价覆盖的内容范围来看，并未涵盖所有预算项目和内容。目前公立医院绩效评价主要以项目预算支出评价为主，很少涉及业务收支预算评价，而且仅进行粗糙的绩效管理。
从预算绩效评价覆盖的资金范围来看，评价资金范围窄，并未涵盖所有来源的资金。目前公立医院绩效评价主要以财政资金使用情况为主，侧重于财政重点支持项目及重点（大额）资金项目绩效评价，且主要强调预算申报环节预算绩效目标申报，对预算执行效果评价以上级机构抽查为主，自身对预算执行效果关注不够。
（三）预算绩效评价指标不全面
预算绩效管理的核心是绩效评价，而绩效评价的关键在于评价指标，目前，公立医疗机构普遍缺乏科学有效的预算绩效评价指标体系，无法把控和客观评价预算管理的效果。主要存在的问题有：指标设计未与目标结合，与医院战略规划脱节，指标缺乏科学性；评价指标难以量化，缺乏定性指标；指标设计忽视效率、效益等结果的评价，指标不够细化、全面，缺乏系统性。
（四）预算绩效评价结果应用不足
从评价结果应用方面来看，缺少绩效奖惩措施，考评指标与业绩尤其是与报酬之间没有严谨的数量对应关系。受绩效管理制度、绩效评价指标的设计、评价机制的完善程度，评价结果大多流于形式，仅停留在问题表层的反应，缺乏细致深入的分析、有效的问题反馈、科学的整改措施，评价结果得不到有效应用。