在历经三十年的发展，中国科技企业孵化器的总量已位居世界前列，各地都对孵化器的实践探索进行了一些有益的尝试，无论是宏观层面的系统架构、政策支持，还是微观层面的运营模式、硬件设施、孵化服务，都已达到一个较高的水平，但国家深入实施的“创新驱动发展”战略、致力推进的“大众创业、万众创新”活动，以及“十三五”规划的持续推进，对科技企业孵化器提出了更高的要求；而孵化器自身发展的需要、创新创业企业对孵化器专业服务的需求，也暴露出目前科技孵化器在发展上仍然面临的一些问题。
（一）创新孵化服务能力不足
一些中小型孵化器服务能力有限，同时由于缺乏具有丰富经验的创业经验的导师辅导团队，难以为在孵企业提供行之有效的指导。受制于与科研院校沟通对接中信息不对称的情况，在孵企业无法就自身需求实现与科研院校的精准对接，使得在孵企业发展受限，进而影响了孵化器的长远发展。同时许多民营孵化器服务意识稍显不足，因为大部分民营孵化器的收入仍主要源于房租物业等基础性服务，其在获取财政税费补贴等政策支持的优先权明显弱于国有孵化器，就有可能存在争取政府房租补贴时的抽成现象。民营孵化器对于盈利性的追求会使其对于孵化器的发展定位不清，资本的逐利性使其更加注重投资而非服务。民营孵化器服务意识不足必然影响其高质量发展。
（二）专业孵化人才紧缺
孵化器中的高素质人才主要分为两类：一是管理类人才，二是技术类人才，二者皆是影响孵化器服务能力的重要因素。一些民营孵化器由于对管理人才的投入不足，使员工缺乏稳定性，跳槽现象层出不穷，而一些国有孵化器由于经费预算压力，对于管理人才数量也有极大限制。孵化器管理人员的水平和受培训比例也直接影响到了孵化器深层服务水平，使得孵化器发展收到限制。
（三）孵化生态体系不够健全
企业孵化是一个连续的过程，一方面表现为创业成长过程的连续，另一方面表现为围绕企业孵化过程的生态系统动态匹配过程。企业从萌芽创立到死亡经历一个完整的生命周期，而不同企业在生命周期的不同阶段所需的创业资源也是存在差异的。由于孵化器的项目入驻筛选机制不够健全。不少孵化器采用租让场地空间的盈利模式吸纳创业项目入驻孵化器，为了提高入驻率，完成初创企业的入驻数量指标，对创业团队的实力和创业项目的质量缺乏考评，未进行严格的调查和筛选，造成许多没有竞争优势和发展前景的项目入驻孵化器，占用孵化器的大量资源，影响其孵化能力和效益。
（四）市场化运营机制不完善
国有孵化器在运作过程中, 其投资完全来源于政府财政资金, 其发展易受政府政策等不确定因素的影响。由于缺乏其他经济基础支持，国有孵化器在发展过程中受体制约束较大，机制灵活性不够，组织发展活力稍弱。另外，国有孵化器为入孵企业提供的服务一般是无偿的, 属于某种意义上的政府职能外包, 其管理和运作的商业模式不够高效, 容易产生效率低下、权责利不明确等问题。此外，国有孵化器在转制、混改、现代企业管理制度建立等方面进展还不够快，国有孵化器在创新体制改革、与民营企业建立混合所有制孵化器等方面的案例还较少。孵化器自身的公益性和营利性双重属性未能很好地融入到现行体制与机制中。部分孵化器对自身发展定位不清晰，把自己看作政府的衍生机构，缺乏孵化器的服务精神倡导，这些都限制了国有孵化器的市场化发展。加之我国风险投资发展起步较晚，也一定程度上导致了我国科技企业孵化器融资能力的不足。