（一）城乡发展规律认识有待深化
城乡融合是社会发展的必然趋势，是生产力水平高度发达的必然结果，恩格斯指出“工业与农业结合，城市与乡村协调发展，从而形成一种既利于城市又利于乡村的文明生活”。其一，在传统的城乡统筹理论框架中，城市与乡村是不平等的，以城市为中心统筹乡村，乡村作为各种政策和补贴的接受者，依然缺乏发展的平等性、自主性和内生性。其二，相比美国、德国等发达国家，我国城镇化进程拥有其独特的发展规律，当前城镇化与逆城镇化的协同推进，足以证明完全依据西方国家城市化一般规律来判断我国城镇化发展阶段是有悖于实践逻辑的。
（二）城乡资源均衡配置有待优化
1. 城乡功能互补性仍较弱。在统筹城乡发展和城乡发展一体化战略的推动下，城乡发展的协调性不断增强，但对城乡功能的互补性认识仍存在不足，对农业基础地位的重视仍然不够。一方面，我国人口城镇化滞后于土地城镇化，“重房地产投资、轻产业发展”，导致城镇产业基础薄弱，难以有效发挥城镇辐射带动作用；同时，城市的制造业与服务业更多面向国外市场，对乡村内需的依靠性较低。另一方面，乡村环境保护和污染整治工作起步相对较晚，乡村生活污染严重、农药化肥使用不当等现象直接影响农产品质量安全，这不仅弱化了城市对国内农业的依赖性，同时也制约了农民收入的增长。
2.要素单向流动造成城乡区域发展不均衡。其一，城乡资源逐渐从农村农业流向城市和非农产业。城市的虹吸效应使乡村优质劳动力、土地、资金等生产要素逐渐向城市集聚，而城市强大的科技、金融、产业、文化、教育等却难以向乡村地区覆盖延伸。其二，农村土地流动性弱，资源配置效率低下。由于产权不明确、归属不清晰，农村集体所有的耕地、林地、宅基地等要素流动性弱，土地等稀缺资源得不到充分利用，不利于农民增收水平的提升。
（三）乡村社会治理梗阻有待破解
1. 治理结构不科学。第一，现阶段乡村治理工作存在治理结构失衡的问题，基层政府部门大权独揽，各个部门均受政府的统一管理，不仅加剧政府部门管理负担，同时也不利于提升村民自治的民主性和科学性。第二，乡镇政府缺失治理的自主性，“对上”依赖县级财政的支持，依赖更多的资金补助和项目支持，“对下”依赖村委干部的“任务落实”，成为乡村矛盾和问题的“集中点”。第三，乡村社会组织是乡村治理的主体，在维持乡村和谐稳定发展方面发挥着重要作用。但现阶段我国乡村社会组织发展缓慢，数量相对较少，无法充分发挥乡村社会组织参与各项公共事务的优势，影响村民自治水平的提升。