高职医学院校以培养技能型的基层医务人员为目标，承担着地区基层医疗服务的重任，因此，高职医学院校党建工作应该以更高的政治站位和人才培养水平，真正发挥基层党组织的战斗堡垒作用、党员师生先锋模范作用。而高职院校基层党建工作是一项复杂的工程，通常涉及党委、二级学院党组织、党支部，同时涉及学生和教职工，各主体在规划和实施党建工作过程中，多半会各自遇到这样或那样的问题，往往陷入其困境之中。
（一）学校党委的困境
作为学校党建工作的规划者、管理者和监督者，学校党委站在宏观的高度，把开展好基层党建工作看作是关乎学校的稳定和发展之大事，但囿于学校党建工作所涉及的环节、部门和人员众多，具体活动的制定和开展不可能完全由党委一力承担，其职责主要着眼于宏观层面政策的决策、制定和监督，基层党建各项工作的落实还得借助于各党支部来具体实施，折射出党委不得已而为之的窘境。加之，在一些非法报酬的诱惑下，有些高校党委领导作用发挥不够充分、全面从严治党主体责任落实不够到位、基层党组织建设薄弱、处理违纪问题宽松软等。
（二）二级学院党组织的困境
二级学院党组织是联系学院党委和党支部的桥梁，站在二级学院的角度，把执行党委的政策，发展二级学院党建工作视其天然的职责，但党建工作的开展如何既执行学院党委的政策又顺利实现二级学院党建工作的创新和发展，在具体操作过程中，二级学院党委也存在着力不从心的尴尬。
（三）党支部的困境
就党支部而言，作为高职院校基层党建工作的实施者，要使得基层党建工作顺利开展，离不开上级党组织的大力支持，必须按要求开展活动，而且积极响应支部和上级党组织号召，带领支部党员积极参与支部建设，这也是其应尽的义务。但与此同时，如何处理好党员发展中“量”和“质”的冲突、党员教育管理中普遍性和特殊性的矛盾、制度建设方面形式性和创新性的选择等问题，党支部在面对学校利益、二级党组织利益和自身利益的关系时，怎样处理好这些利益关系，常常让党支部陷入其困境之中。