（一） 建立研究生成果考核与奖惩机制
在基于研究生导师科研团队培养研究生的模式下，每位研究生都会领到与自己专业相关的研究课题。研究生应积极参与学术讨论，并按学校要求公开发表学术论文。研究生还应参与导师的纵/横向课题研究，以提高自身的实践能力。导师团队应根据研究生取得的学术研究成果和参与横向科研课题研究的表现对研究生进行考核。
（二）研究生导师与指导教师角色冲突的矛盾及解决方法
在基于导师科研团队培养研究生的模式下，由于导师并不只是一个，这就导致了主导师和副导师的意见不同，使研究生出现进退两难的地步，无法给出到底应该听取谁的意见，科研任务到底以谁为主。这个矛盾不解决就不可能给研究生提供良好的培养和良好的科研环境。一个比较好的做法是主导师负责把握研究生宏观的研究方向，并尽量对研究生的全面发展提供多帮助。副导师就某一时间内某一特定的研究课题给予研究生具体的指导，在指导的过程中也及时和研究生专业导师多沟通交流，帮助专业导师及时了解学生状态，从而更好的对研究生进行培养。
（三）规范管理，建立导师组考核评价体系
由于导师团队是较为松散的自由组合，导师团队的考核管理往往流于形式，尤其是涉及到具体项目研发、论文发表、项目经费等具体问题时，因为没有绩效考核上的明确制约关系，往往会产生矛盾和不满，影响整个导师团队的合作，进而影响到导师团队对学生的指导效果，因而难以为继。
建立需建立科研团队评价和激励机制，对导师组所有老师的工作进行考核和认可，即能够提升导师组老师的积极性，有利于导师组模式的推广和发展，也有助于保证研究生的培养质量。团队统一到年底进行考核，根据团队成员对团队的贡献度进行评价激励。为了激发团队成员的团队意识，依据分工不同，贡献相同的原则，奖励程度趋同，鼓励大家协同工作，共进共赢。目前，学院对团队的支持政策是科研团队可以以团队进行统一考核，团队内部业绩自行分配，这样就保证了团队老师的个人利益，凸显了团队的集中优势。由于目前国内各高校行政管理方式各不相同，难以形成统一的标准，如何建立适当的评价和考核机制，还需要各高校根据本校的实际情况深入研究调查。学校有关部门应及时明确相关政策和标准，为导师组制度的发展和扩大提供良好环境和政策保障。