经济责任审计属于绩效审计的范畴，最早由美国审计总署在1972年的《审计准则》中提出并定义。由于在客观系统性以及与公共管理创新理论的契合，上世纪九十年代以来，实现了快速长足的发展。由于其场景的特殊性、评价的主观性以及数据的可获得性和数据分析技术的融合程度使得经济责任审计在具体应用实践过程中依然存在着大量的问题。
1、定性和定量评价指标体系尚不完善。广泛采用传统的财务指标、运营指标、全面风险管理指标等体系，缺乏全面、深入的视角，缺少更准确、科学的指标体系。钱程针对商业银行传统经济责任审计中评价指标缺乏典型性、过于重视财务指标、定性指标与定量指标难以融合等问题，通过补充非财务指标、优化评价方法、量化处理定性指标等方法，构建了层级结构的指标体系和评价方法。
此外，经济责任审计过程中采用的评价指标体系与机构内部的内控合规、安全管控、人力资源考核、财务流程管控等作业中存在大量重叠，以同样或者相关的指标去分析难以发现新的或者更深层次的问题。常一玫从资产、财政、人才和运营四个方面构建了经济责任评价的指标体系。王荣从财务收支的角度提出了5中评价指标。张朋通过比对分析我国从1980年代开始的国家法律法规，同时结合XR集团的具体状况，提出了财务层面和非财务层面共计5类18个指标的评价体系，其中与内控、安全管控以及人力考核相重叠的有12个。
2、审计评价过程缺乏客观性保证。
经济责任审计的责任执行机构为内部审计机构或者履行内部审计职责的内设机构，因此在对本机构领导实施经济责任审计时天然的缺乏形式上的客观性。冯刚、刘建军、杨国指出经济责任审计从委托、立项、批复、执行审计的整个过程的客观性很难界定和评价。很多机构的经济责任审计由办公室或人力部门提议，机构领导层批复，纪检和巡视部门提出重点关注事项，最后有审计部门执行。在组织形式、制度依据和相关责任等方面都没有赋予经济责任审计应有的权威和地位。
经济责任审计过程中涉及到大量的依据职业经验的判断和定性评估内容，如国家重大政策执行情况、领导责任的履职情况、单位或部门的建设情况等等。因此在具体评估和认定过程中还缺乏一定实质上的客观性。
3、在有限的资源条件下，科学全面的评价分析能力不足
由于经济责任审计任务是依托内部审计机构或者履行内部审计职责的内设机构来执行，通常此类的内设机构除国家法律法规规定的12项职责外，还肩负着机构内部其他鉴证业务和相关服务。因此会面临着严重的资源不足等情况，如年度计划任务多（时间资源不足）、内部人力不足（人力资源不足）、专业化水平的全面性和专业性参差不齐（专业资源不足）等。经济责任审计任务除了部分属于计划范围内，有相当大比例的审计任务具有临时性和突发性，如领导临时调任、非正常离职等。在这种情况下，通常需要临时组建具备一定胜任能力的专业团队，同时需要在调任期限、离职期限等时间范围内有效的完成全部审计工作，出具审计报告。吴勋、王雨晨以2008-2012年的省级面板数据为样本，分析了我国经济责任审计对于官员腐败行为的影响程度，结果发现我国经济责任审计的揭示和抵御功能未能对官员腐败造成显著影响，经济责任审计的预防、监督和治理能力有待进一步加强。此外，按照《审计法》和《审计署关于内部审计工作的规定》等要求，经济责任审计要对领导任期范围的所有工作进行认定和评价。工作涉及的时间跨度长（通常超过1年），业务范围广（通常涵盖了多个专业或领域），专业化程度高，经济责任审计的科学全面评估能力显得尤为不足。