1.在学生日常管理工作方面经验不足
随着大学生受教育程度比例增大，整个大的环境背景下，大学生所呈现出来的学习、生活、思想上的问题更加复杂化，面对如此复杂的问题，需要专职辅导员专业完备的知识体系去应对，专职辅导员不仅需要有完整的思想政治教育体系知识，也需要相应的教育学和心理学等方面的专业知识体系，才能更加详细深入及时掌握大学生的思想动态，甚至经过多年的工作经验的总结，遇到过各种复杂的突发情况，都能很好的独立解决难题；“然而对于以学业为鹄的在校研究生，没有进行过系统的实践，也没有进行专业的上岗培训，整体上业务水平不足”。[2]在实际应对处理难题时，更多是以学生的工作经验去惯性思考解决，难以从大局出发，考虑的更加全面，不能从容的更好的处理。
2.业务能力带有浓厚的自我感情色彩
研究生兼职辅导员在处理学生日常管理工作时，由在校研究生学生身份转换为学校管理兼职辅导员身份，缺乏工作经验的同时也会表现出不能很好的角色的转换，在不同的学习和工作的环境中，自由熟练的切换角色。面对日常工作问题，尤其是紧急情况和突发问题时，无法独立的去处理问题，仍会带有浓厚的自我学生身份感情色彩，从学生的角度去思考问题和解决问题，仅从浅显而片面的角度去认识问题的表面，无法从兼职辅导员管理者的身份去深入认识问题的本质，提供更好的解决途径，兼职辅导员仍需科学的思想政治理论基础武装头脑思想，适当借鉴有效的专职辅导员经验，再结合自身经历探索出适合自己的工作方案，在不断的学习和工作中得到更好的发展。
3.难以平衡学习和工作的关系
“研究生担任辅导员实质上要求他们必须从思想上进行深层次的转变，角色上适应双重身份的转换”。首先重要的是作为一名研究生，高校研究生毕业都是有一定的学术要求，需要花大量时间去不断的学习和对科研的探索，完善自己的专业知识体系储备，提升学习能力和科研能力，铸就科研成果；其次才是作为一名兼职辅导员，学习之余要协助专职辅导员处理学生日常管理工作上的问题，时间上有冲突。这不仅是身份上的转变，更是思想上的转变，从研究生到兼职辅导员的转变，从学生到老师的身份转变，面对两种不同的环境，调整思想转变，更好的正视自我，充分做到思想上的认识，平衡学习和工作上的时间和关系，合理有计划的安排时间，为自身学业留有足够时间去钻研，有效率的完成学业的同时并取得工作的好评。