目前各高校普遍存在毕业设计质量下滑趋势，也引起了专家学者的担忧，不少学者从不同的角度对此现象进行了深入的探讨与分析。普遍认为毕业论文质量下滑的原因，大致可归成三类：一是学生自身的原因，二是指导教师的因素，三是高校管理上存在的问题。
（一）学生对毕业论文不重视
以南京农业大学农学专业为例，学生研究对象是大田作物，周期长，要取得毕业论文相关数据要提早进入相关实验室，学院安排学生从大三的暑期开始，进入毕业实习阶段，进课题组做实验获取相关数据，毕业论文写作阶段则安排在了大四下学期。而对于学生深造以及就业来说，从大三的暑假开始，时间也尤其宝贵，有保研意向的学生会参加各大学校的夏令营，为自己的下一步学业做准备；有考研意向的学生暑假和大四的上学期基本都是在忙于考研复习，工作的同学也会参加各种考试以及面试，学生的主要精力都放在深造以及就业上，而这段时间正好是撰写毕业论文的时间，由于毕业论文成绩对学生深造没有直接的影响，故部分学生采取了消极应付的态度，付出的时间精力都比较有限，文献的积累也比较少，这都很大程度上影响了毕业论文的完成质量。
（二）指导老师对毕业论文投入精力不足
毕业论文质量主要取决于学生的态度和学习能力，但指导教师投入精力的多少对毕业论文质量也有直接的影响。根据《南京农业大学本科生毕业论文（设计）工作管理规定》毕业论文（设计）教学实行指导老师负责制，指导教师应对整个毕业论文（设计）阶段的教学活动全面负责，具体任务如下：指导学生选择课题，给学生下达任务书；指导学生撰写开题报告（包括文献综述），认真做好中期检查，指导学生正确撰写论文并认真批阅；定期与学生进行讨论、交流、答疑和指导，检查学生的工作进度和质量；毕业论文（设计）结束阶段，按毕业论文（设计）的成果要求检查学生的工作完成情况；对学生进行答辩资格预审，参加毕业论文（设计）答辩，准确客观的评定毕业论文（设计）成绩，并写出评语等。部分高校对教师职称评审的总体要求倾向导致教师更多的精力花在了科研中，而且因为学生扩招每个教师指导的学生数量都有所增加，这些也导致了指导老师花到每个学生身上指导论文的时间、精力有所减少了，这也是影响毕业论文质量的重要因素。
（三）毕业论文答辩浮于表面，与研究生毕业论文答辩相去较远
毕业论文答辩是毕业论文质量的最后一道关卡，此项工作的落实态度直接影响到学生对毕业论文的重视程度，最终也势必影响毕业论文的整体质量。国内高校由于学生毕业率和就业率相关压力，多年来基本实行的是“严进宽出”原则，学生只要考进了大学，很少有不能顺利毕业的，不少学生存有“要毕业了，学校不会在毕业设计（论文）上为难”的错误观念，毕业论文东拼西凑，质量问题突出，也最后导致了毕业论文答辩流于形式。