价值观是人们对客观世界及行为结果的评价和看法，是基于人的一定的思维感官之上而作出的认知、理解、判断或抉择，也就是人认定事物、辩定是非的一种思维或取向，从而体现出人、事、物一定的价值或作用。具体到制药工程专业，正确的专业价值观应该包括1能够全面、准确地认识制药行业、制药工程专业组成结构，明确自身定位；2能够把握制药行业和制药工程的基本概念的特征和范围；3能够对制药行业中人、事、物进行是非好坏的判断，可以通过重大事件正确分析制药工程特点。这样的课程目标对大一新生有很强的挑战性，需要用科学的方法进行引导。
（一）采用系统分析法全面认识制药工程专业，明确自身定位和未来发展
全面认识制药工程专业是本课程的主要教学目标。传统制药工程的教材内容着重讲授具体的制药工程专业名词、技术，较少从全局系统的分析工程，只见树木，不见森林。
在本课程中，教师带领学生采用系统分析方法，从不同角度分析现代工程理念。例如引入工程伦理的理论内容，采用系统论方法，对经典工程案例的价值形成对工程全面立体的认识；还引入管理学中的利益相关者概念，分析制药工程涉及的各种人员角色，让学生理解工程项目不仅是理工科技术的集合，也是社会化的活动；在药品的质量管理部分，从人、机、料、法、环五个方面介绍全面质量管理的理念，以及因果分析图等现代管理学工具，为今后的GMP课程做好铺垫。通过采用系统分析法，培养学生对复杂工程问题的多个角度分析能力，认识到工程不仅仅是理工科技术集合，也是社会活动。
全流程分析也是系统认识工程的一种重要方法。本课程引入工程伦理中工程周期理论，对药品的全生命周期进行分析，借此明确了制药工程专业在制药行业中的地位，以及与药学、临床药学等相关专业的区别和联系，也帮助学生更好理解新《药品管理法》所提的“药品全生命周期管理”的新理念；在新药研发的全流程分析过程中，画出流程图，强调各个阶段的主要目的、主要工作和标志性结果，形成整体概念。全流程的系统分析，让学生理清了药品生命周期，明确了自己的专业定位，指导了学生未来发展方向。
从制药行业发展史可以总结制药行业发展经验和动力。本课程以阿司匹林、云南白药的发展历史，结合工程全生命周期理论和持续创新理论，让学生认识到若要维持药物的生命力，就要围绕药品安全、有效、质量可控、经济合理等核心价值持续创新，树立创新推动发展的理念；从我国新药申报审批政策的发展过程，认识到我国从党的十八大以来推进医药行业高质量发展的制度创新和取得的巨大进步，增强学生的制度自信；同时从顶级期刊Nature对于最新人工智能在新药研发中的应用，看到行业未来发展的方向。本课程围绕制药行业发展史，从古至今到未来，让学生切实体会到技术创新等生产力发展、制度创新等生产关系的发展推动了整个行业的发展，激发学生用创新创造美好未来的志向，引导学生形成正确的唯物主义历史观。