1.医药企业费用确认不正常导致的涉税风险
“新医改”其中一个最为重要的领域就是针对现阶段市面上的医药企业内部的成本以及费用的认定乱象进行管控，我国在2019年以及2020年分别对70多家以及19家医药企业进行了相关的费用类科目原始凭证核查，被核查的医药企业均存在着费用真实性问题，涉及金额甚至达到百万元级别。医药企业虚构销售费用，会议费用以及展览费，从而增加其费用支出，降低其所得税计税依据。但在“新医改”环境下税务局对企业成本费用列支的针对性核查下，谎报问题将给企业带来较大的税收风险，企业的费用问题被发现后不仅需要补缴税款，可能还要面临税务局的高额罚款。“新医改”环境下医药企业如何有效避免因费用成本真实性导致的税收风险将成为企业最主要的涉税风险规避点之一。
2.原材料采购环节成本估算导致的涉税风险
对于医药集团企业来说，部门的拆分细化将会成为未来发展的一个重要的趋势，生产环节的CMO以及CDMO模式将成为未来医药企业生产医药的主要发展模式，就医药的生产模式来说，其主要的费用成本产生于其购入的生产用固定资产以及原材料等生产用材料。在“新医改”的推行下，“两票制”进一步在我国进行推广，甚至进一步延伸出“一票制”，即医药的生产企业直接与医疗企业结算货款，虽然这样的方式能刺激医药企业与国家医疗体系进行直接结算，但对于医药生产企业来说，其需要为市场需求准备的库存变大，企业需要准备足额的产成品以应对医疗系统的直接需求，这就导致医药的生产企业绝大多数的资产累计在其材料成本上，因此，材料成本的核算则成为医药生产企业一个十分需要注意的方面，企业在纳税时进行相关成本费用的抵扣时，尤其是对于某些易耗的生物性资产需要及时关注其减值迹象，因此医药企业需要应对的税收风险也变大。
3.企业模式不合理带来的税收风险
在“新医改”以前，我国的医药企业采用的是“产研销”协同发展的模式，但是对于企业来说，这样的模式不仅不能为企业带来较大的收益，反而会因为企业的内部机构及职责混乱给企业带来更大的涉税风险，“新医改”的推行中，其中最为重要的一条就是上市许可人制度，这个制度为企业对原来的医药企业经营模式提出了挑战，刺激企业将原有的经营模式中各部分进行独立化，促进企业的各部分进行专向发展，因此，企业如何在“新医改”环境下合理规划自己的内部经营模式，成为企业应对税收风险的又一重要方面。