1.团队建设目标不够明确
科研教学一体化团队的力量在于团队目标一致的协同合作，具有团队合作精神以及团队奉献精神十分关键，如果教师个人的目的性和功利性太强则不利于团队发展，因为这样容易使团队目标与研究成员个人目标发生冲突，使得团队成员在自我价值与团队价值之间产生矛盾，不利于实现团队的整体目标。有些团队只注重短期目标或者只注重某些单一项目的需求，团队稳定性较差。事实上，具有重大意义的科学创新或标志性科研成果通常不可能在短时期内获得和完成，这就导致在重大科技攻关项目研究中那些稳定性不强的科研团队表现出好多不适应之处，从而导致标志性的科研创新成果很难产生，同时还可能造成极大的资源浪费。因此首先，一个优秀的团队必须具备的品质是团队友爱、合作共赢和奋发向上的团队精神,但目前有些团队部分成员只关注个人的利益，凡事私字当头,团队内部就会出现隔阂，形成“内耗”，对整个团体和个人的发展都极为不利。其次，一个优秀的科研教学团队必须处理好个人与集体的关系。在科研教学团队当中，集体的基础是每一个人才，单个人才的集合又是团队集体，团队组建时都应该具有自己的特色，具有完善的人才培养制度，能够关注每个人才的成长，为大家营造宽松的科研工作环境，提升团队集体对人才的吸引力。第三，一个优秀的团队还要处理好领军人才与普通人才的关系。团队的人才队伍构成应该呈现金字塔型，在塔的基础底部是普通人才，主要负责具体科研教学任务；比较优秀的人才在塔中层，主要完成一般的科研教学任务；拔尖人才处在塔尖，他们通常是团队的名片。每个团队都应该采用不同的管理手段和方法来对待处在不同层次的科研人才，鼓励人才进步向高层次流动，让每个人都有向上发展的机会，使团队目标集中一致，推动团队整体不断向前发展。
2. 团队组织结构不够科学
地方高校科研教学团队多数依托重点学科、重点实验室、工程研究中心或协同创新中心，而且有些团队还处于起步阶段，在组建时不是以学术问题为导向组成的，而是以获取某种资源或及早地占据某研究领域为目的，采用临时组建或拼凑、包装一些团队，并没有经过严格系统的论证。虽然这些科研教学团队中研究成员的学科比较相近或者相同，所研究问题也具有相关性，但事实上他们通常各自主攻自己的研究方向，平时很少合作，只有在申报科研项目或者科研奖励时，才把各自已经取得的科研教学成果勉强汇总累加在一起；成员平时学术交流不多，相互信任不足、合作精神不够，而且在知识和能力方面互补性不足，稳定性差，在研究方向上就不容易创新，科研活动不容易上升到一定高度；学缘结构不够合理、近亲繁殖现象严重、学术研究方向固化，影响科研创新，不利于开发新的研究领域。目前，很多团队在学科结构方面需要进一步整合，在实现知识的融合、激发创新能力方面没有实现最优化，取得标志性成果的几率小、速度慢，这样的团队很难获取具有创新性的标志性科研成果，也很难形成集群效应，因此，在发挥学科基地建设和人才培养等功效方面还有很大提升空间。