（一）创新创业教育相关机制不健全
第一，创新创业课程体系缺乏系统性。总体上看，我国高校大学生创新创业课程是面向所有学生进行的全纳教育。虽然现阶段高校以“创新创业基础”、“创新创业实践”以及创新创业教育周边课程为主线，初步建立起创新创业课程体系，但在课程实施过程中，却很少有高校将创新创业课程纳入整体课程设置和教学安排中，双创课程的开发和设计依然处于较为零散的状态，不能对学生的学习与实践活动进行有效的持续跟踪与指导，主要表现在以下几方面：一是在课程设计方面，高校没有统一的教材，课程内容缺乏连贯性，无法实现创新创业教育的可持续发展；二是尚未形成梯度式课程体系，没有兼顾不同学生主体的差异性，无法满足不同年级和不同专业背景学生的需要；三是没有形成完整的课程群，课程内容局限于本学科知识，缺少跨学科的交流。
第二，创新创业教育支撑体系不完善。首先现有政策支持度不够，国家关于大学生创业优惠政策数目虽然不少，但尚未形成与之对应的扶持体系。在政策执行方面也存在执行力度不强且政策限制较多的问题，很多创业学生因条件不满足而无法享有优惠政策。其次，由于高等学校自身的局限性，大学生创新创业平台和资源并不充分，难以给予学生足够的实践资源和机会，创新创业课程实践性较弱，呈现低实用性，高理论性的特点。
第三，创新创业教育质量评价体系不健全。当前我国高校创新创业教育尚未形成一个行之有效的评价标准体系，仍旧以学生创业率和创业成果为高校创新创业教育的主要评价标准，忽视了对学生培养过程的评价。对于教师的评价仍然沿用传统的学术评价机制，无法调动教师参与创新创业教育的热情，对于学生的学业评价也是以考试成绩为主要指标，无法全面反映学生的创新创业素养，激发学生创新创业的兴趣与积极性。
（二）创新创业教育师资不充分
教师是高校开展创新创业教育的首要力量，其创新创业素养与教学水平直接决定着学生的创新创业素养水平与创业能力。教师不仅是引导大学生进行创新创业学习与实践的关键角色，更是深入进行创新创业教育理论研究与实践探究的重要支撑。创新创业课程相比其他通识课或者专业课而言，实践性更强，综合性更高，对教师的各项要求自然也更全面、更严格，合理的师资结构配比和强大的师资合力是创新创业教育工作顺利开展的重要基础。
截至2019年，我国高校创新创业教育专职教师近2.8万人，兼职导师9.3万余人，首批入选优秀创新创业导师人才库只有4492人。可见创业导师师生比远远不能满足大学生创新创业普及化教育的需求。多领域、多类型、多层次是当前高校创业课程师资的基本特征。但从目前来看，师资队伍的搭建还未形成系统化、专业化的有效布局，需要合理的教师结构比例，保证创新创业教育人力资源的均衡化和高效化。高校创新创业教师主要由专职教师、专业课程教师、兼职教师组成。许多高校的创新创业工作并非由专业人士担任，而是由其他科目老师或者辅导员兼任，这部分教师创新创业理论知识和实践储备较为匮乏，一定程度上制约了创新创业教育事业的发展。由辅导员或兼职教师来担任创新创业教师，他们虽然通过参加各级各类创新创业教育培训，使得自身创业理论素养得以提升，但并无在企业工作或创业实战经历，因此在进行创新创业教育中，理论性有余而实践性不足，同时由于兼职教师往往身负大量行政工作，对创新创业理论研究与实践探索积极性不高。而专业课教师受传统的专业教育模式影响，在专业课程教学中挖掘创业元素意识不足，他们仍更习惯于以集约化的班级授课形式进行专业知识传授，不能很好的做到将专业与创业相融合。