南海是连接东亚、东南亚和印度洋海域的黄金水道，其西端的出入口--马六甲海峡，主要为阿拉伯人及后来的欧洲人控制。加之在工业化之前，周边先民驾驶帆船，利用季风航行，故而主要在南海海域活动，通过“转送致之”式的中转贸易与西方市场进行联系，而不倾向于选择远距离、长时间的航线，避免高贸易成本与风险。可见，南海自古便是周边国家合作、交流之海，并存有各自历史时期的大量水下文化遗产，及全人类的文化记忆，如井里汶沉船船体可能建造于印尼，出水器物有越窑青瓷、泰国细陶、马来半岛锡锭、中东玻璃器、印度与斯里兰卡宝石等，以及佛教与穆斯林教器物等日常用品与船员个人物品。南海水下文化遗产无论从物权，还是国家起源、文化或历史起源方面均难于厘清：第一，这些水下文化遗产是居住于现今南海周边国家的中国先民，居住于中国的域外来客，以及大航海时代以来东西方贸易者们的创造，或体现其共同参与；第二，除部分具有公司文件记录者外，朝贡贸易，尤其是小型商业贸易船舶所载器物权益难于厘清，且在物权之外还涉及技术、文化来源的问题；第三，历史时期行政与疆域变迁纷繁，大量遗存于南海的水下文化遗产很难确定确属哪国。从实践来看，中国尚未成功索求发现于他国海域的中国瓷器等船货。
上世纪后半叶，南海的水下文化遗产遭受了盗捞者与商业公司的严重破坏，后者打捞的沉船包括中国木帆船、东南亚帆船、阿拉伯帆船和西班牙大帆船等，出水文物则以中国古代瓷器为大宗。越南海域发现了头顿号、金瓯号、平顺号，印尼发现了印旦沉船、井里汶沉船、黑石号、泰兴号，以及成为水下文化遗产历史重要拐点，并促发我国水下考古行业发端的哥尔德摩森号等，菲律宾发现了圣迭戈号等沉船。数百万件陆上所鲜见的文物被拍卖，或为商业利益而遭受人为破坏，历史信息随之湮灭。虽然，商业打捞避讳公布沉船发现地点，但从出水文物藏品可见来自黄岩岛的文物，有记录的吕宋岛西部、巴拉望岛西部、马来西亚沙巴州西部发现的沉船均载有中国瓷器。此外，周边国家也在我国所宣称拥有主权的岛屿周边进行发掘，如榆亚暗沙东北部的“调查员沉船”（Investigator Wreck）出水的包括中国瓷器在内的遗物被存放于菲律宾国家博物馆等地。近年来，随着越南、菲律宾等国急切主张海洋权益最大化，而相关国家的主权声索并不退让，从而导致民族主义蔓延，占据南海岛礁的国家对我国水下文化遗产历史物证蓄意破坏。