近年来，在党和国家的大力支持下，我国农村的基层组织在硬件上和软件上取得许多发展和进步，农村基层组织在办公场所、办事程序和治理意识等上都显著提高。但不可否认的是，我国农村基层治理依然面临着复杂严峻的挑战，一些深层次方面的问题没有得到切实的解决，如对基层干部群众社会治理的认识存在误区、居民参与治理的积极性不高和基础公共服务等问题，都会阻碍基层社会治理体系和治理能力的提升，阻碍乡村振兴的步伐。
（一）农村干部群众在思想认识上存在误区
农村人民在思想上存在误区不仅仅只体现在群众身上，村民受教育水平低，思想观念较落后，仍未摆脱封建传统文化的束缚，在农村公共活动中具有强烈的被动性和依附性，缺乏主动性，导致村民参与社会治理的积极性较低。同时也表现在基层领导干部上，个别领导干部缺乏为民服务的热情，对群众高高在上，盛气凌人，认为自己高群众一等。从而导致干部与群众的距离变得疏远，基层事务难以推动，乡村难以振兴。
（二）农村人才流失严重
十八大以来，习近平总书记在不同场合不同会议上强调了人才的重要性。他指出，创新是引领发展的第一动力，创新驱动实质上是人才驱动。农村要振兴，根本上靠发展，人才是推动农村发展的关键。但因城乡基本公共服务的不均等化，农村经济水平低，没有产业，导致全国大多数的农村中有知识，有文化、有才能的村民和青年人更多的是外出务工，而留在农村的大多是文化水平较低的村民、老人、妇女和儿童，他们参与社会治理的能力较弱，难以推动基层治理创新、提升治理水平和推动村庄发展，从而导致村庄陷入困境，难以发展和振兴。
（三）村民参与社会治理缺乏议事协商平台
社会治理平台的建立能够有效的提升农村社会治理水平，提升居民参与社会治理的积极性。但在现实中，大多数的农村缺乏村民参与社会治理的议事平台，有些村民对公共事务非常的关心，参与社会治理的积极性也非常高，但缺乏相应的平台，让村民能够参与公共事务中去，导致村民总是被做决定，也慢慢使村民参与社会治理的积极性变低。
（四）村民委员会承担的行政化事务严重
村民委员会是村民自我管理、自我教育、自我服务的基层群众性自治组织，职责为办理本村的公共事务和公益事业，调解民间纠纷，协助维护社会治安[ 中华人民共和国村民委员会组织法]。但在现实中随着行政事务下移，政府及相关部门、街道不断将工作交付给村委会，有的还实行考核，把社区当作下属机构，目前社区承担的事务繁多，如城市管理、环境整治、安全生产等方面的工作，导致村民委员会没有精力做好本职工作，推进基层治理创新，提升治理能力，从而弱化了村民委员会的自治功能。