（一）跨境电商物流发展较为缓慢
当前，无论是对于零售企业而言，还是对于电商企业而言，又或是对于物流企业而言，只要是企业，那么其最终目标就是追求自身经济利益最大化。尤其是对于零售企业来说，销售额更是被视为重中之重。从而在产品质量控制方面存在重视程度不足的问题，使得部分假冒伪劣产品因此而流向国外市场，从而导致外国消费者流失，给自己造成巨大经济损失，大幅增加逆向物流成本。跨境电商原本应当把目标统一，遵循互利性这一共同发展理念，通过资源整合、大数据共享等方式来确保该目标。然而在物流成本、人工成本难以控制这一种情况下，跨境电商更多关注自身成本控制，相对忽视了与合作企业的合作。虽然物流体系可以自建，也能够为客户提供更好的服务体验，还能够使企业商业机密尽可能不会被泄露，但是需要消耗的资金也是非常大的。总的来说，受各项因素的综合影响，我国跨境电商物流发展目前来说还是相对较为缓慢，没有达到预期目标。
（二）跨境电商物流成本相对较高
近些年来，我国不仅油价处于不断上涨态势，而且人力资源成本也处于持续提高态势，从而直接对多个行业的成本造成了极大的影响，无论是国内电商，还是跨境电商，均没能例外，物流成本也在不断提高。而且国内电商与跨境电商虽然都是电商，但是国内电商的经营范围仅仅是国内，而跨境电商的经营范围却是国外更大的市场，需要将货物向世界各地发运，期间所产生的成本自然会高得多。国际物流运输成本要承担，同时还产生较多的报关、装卸等相关费用，这些都导致跨境电商物流成本相对较高。与此与同时，倘若在交易活动中由于商品被自己国家或者目的地国家海关所扣留，那么海关扣留期间还会额外产生商品存放仓储费用。由此可见，对于跨境电商物流行业而言，如何实现成本减少是当前需要迫切解决的问题。
（三）跨境电商物流先进度比较低
伴随我国工业体系的不断发展，海外消费者对国内商品的需求程度也在逐年提升，然而新零售时代跨境电商物流目前还处于快速发展阶段，相对于快递行业而言。以阿里旗下的蜂鸟为例，作为国内目前有着最大规模的即时配送机构，平均每日的销售额为450万，而快递行业的销售额在8600万左右，两者之间的差距可谓是非常之大。据相关调查数据显示，数量超过50%以上的客户认为相比于配送速度，物流企业的服务质量更为重要。所以对于跨境电商物流而言，仅仅是速度快是难以满足客户需求的，还需要提升配送服务质量，这也是重中之重。遗憾的是，我国绝大多数即时配送平台还没有形成一个成熟、稳定的运营模式，再加之基础设施建设也不够完善，从而使得要想形成先进的送货系统还存在着一定困难。在国内即时配送系统还没有完善的情况下，国外发达国家的物流企业几乎占据了大部分的海外即时配送业务。