相较于本科院校，高职院校教师党支部书记（以下简称“教支书”）“双带头人”培育工程存在起步晚、受限于办学层次等情况，在边实践边总结推进过程中，学校、院（系）和个人三个层面均遇到了一些现实问题。
（一）学校还存在认知不到位、工作机制不完善的情况
多数高职院校统抓党建工作，学校在机构配置、组织建设、机制构建等方面起决定性作用，是“双带头人”培育工程的策源，但师资队伍建设侧重于教学和技能方面，还存在思想认知不到位和机制设计不健全等情况。
1.思想认知有待更新
部分高职院校在本科教育类型的影响下，有重教学轻党建的思维存在，不重视系统规划党建工作。有完成任务缺少主动谋划的思想存在，缺少结合学校、院（系）及个人等实际情况，不重视统筹谋划教师党支部设置和书记配置问题。
2.工作机制有待健全
部分高职院校还没有充分认识到“支部建在连上”的政治优势，在“双带头人”机制构建方面略显不足或滞后，首先体现在没有给予必要的政治保障，如教支书未进入总支委员会、列席党政联席会议等，参与不到院（系）事务工作中去，导致教支书缺少存在感和价值感；其次缺少培训工作机制，满足不了教支书汲取工作理念和业务的需要，导致他们产生本领恐慌没有安全感；同时还缺少有别于其他党支部的考核评价机制和激励机制，无法有效督导和调动工作积极性，导致他们没有责任感和获得感；多数高职院校还缺少促进党建与业务相融合的工作平台，如缺少融合性课题建设等，导致他们没有方向感。
（二）院（系）存在管理不到位、工作制度不健全的情况
“双带头人”培育工作是对院（系）党建工作、师资队伍建设、师德师风建设等工作的加强，建设好、发挥好教师党支部的功能和作用是院（系）所期盼的，但面对新格局、新业态、新要求，院（系）存在管理跟不上、工作制度缺位等情况。
1.管理不到位
主要体现在三个方面，一是管理不够规范，各项工作纪律还不够完善或还不够严明，缺少有效的管理方法，如工作经验没有得到认真梳理和总结、督导党支部开展工作投入不够等。二是保障措施不够有力，主要是工作量的计算和职务安排上没有充分结合实际，导致教支书“活多事多”，投入党建的精力不够。三是激励机制不够明确，部分院（系）在职称评聘、绩效分配、评优评先、职级职务晋升等方面时没有向教支书倾斜，导致他们产生缺乏价值感的“义务奉献岗”感。四是队伍建设不够重视，院（系）存在没有充分的重视教支书后备人才的培养工作，常处于被动状态。
2.工作制度不健全
面对“双带头人”培育工程这一新业态、新要求，一些院（系）出现配套制度滞后情况，一是缺少清晰的培育路径，“头痛医头、脚痛医脚”的培育方式导致教支书成长缓慢，二是缺少党建与业务融合的工作制度，支部党建工作未能与学科建设与教育实践有效协同，教师党员参与党建工作未能与教科研工作恰当对接，三是缺少党员教师量化考核制度，但这项制度对于新任书记来说，是提高党员的积极性、加强组织建设等一个非常有力的支撑。
（三）个人存在任职能力不强、内生动力不足的情况
研究发现，教支书多来自教科研条线的业务骨干，他们熟悉教科研工作却生疏党建工作，谙熟开展教科研工作的方式方法却陌生开展党建工作的方法、路径，缺少对党建工作的认识和经验，更缺少党建与业务相融合的实践和思考。教支书重视职称晋升，往往还身兼数职，他们寄希望于能够胜任岗位同时也希望有所收获成长，因此面对新任务、新要求和新增加的工作，在任职能力、内生动力等方面普遍存在能力不强和动力不强等情况。
1.任职能力不强
多数履新教支书面对不熟悉的业务内容、陌生的工作方式方法、未知的党建与业务融合途径等，很难一开始就发挥出应有的作用，如果得不到及时有效地解决，将会直接影响工作成效，容易出现工作不当、脱节等情况，如在党支部建设上谋划不够、对党内政治生活缺乏合理统筹和有效执行、在群众工作上缺乏意识和方式方法等。
2.内生动力不足
工作机制和管理水平会直接影响到教支书的内生动力，如何保持这支队伍具有循序渐进的内生动力是一项重要课题。研究发现，高职院校教支书为应对课程开发、职称晋升、科研竞争等，平时教科研任务普遍较重，基本上占据了工作任务的重心，油然而生导致他们投入党建工作的不足，再基于任职能力不强的现实，一定程度上了他们内生动力的自我生成。