厚重的历史、宜人的气候、便利的交通、丰富的物产，再加上独具特色的旅游资源，让旅游业有望成为北海市支柱产业，但多年发展情况来看，北海旅游发展差强人意，其中的问题也显而易见。
1、管理缺失
北海市作为广西省乃至大西南唯一出海口，在地里位置上占尽先机。但由于地级市身份，发展处处受到限制。在旅游业发展上，观念落后，投资软环境较差，不能把北海丰富的旅游资源优势转化为经济优势和产业优势。
例如：涠洲岛的火山景观和珊瑚资源得天独厚，但岛上开发混乱，管理水平还处于村级水平，常常发生宰客现象。到涠洲岛只有通航船只，速度慢，载客量少，往返时间长，遇有风浪游客更是常常被困孤岛，游客体验较差。相比较厦门的鼓浪屿，还缺乏旅游文化支撑，缺乏投资资本。
2、交通问题
北海不是广西交通枢纽城市，虽处于临海港口，想去全国各地，需要去南宁转机，桂林转机，这无疑给旅游出行带来诸多不便。旅游景点交通不便，例如：红树林是国家级保护的生态旅游度假区，但由于该景点离市区较远，市区内又无专线旅游车直达红树林，很多游客因交通问题而放弃游览。
3、环境污染问题
银滩周围遍布酒店和居民区，这些居民和商家直接把排污管道通到北海海域，海洋资源被严重污染，一到热季，银滩臭不可闻，严重影响游客游览体验。
4、景点开发不足
北海诸多景区开发不足，以星海湖为例：早期有房地产开发商投资，水浒传摄制组投资，但随着政府人员更换、政策更迭，开发商撤资，星海湖景区变成烂尾。
涠洲岛定位是特色景观旅游地，并以“南海蓬莱”为口号建立。政府十几年间，先后投入1100多万元用于建设景区，但是仍然差强人意，不够完善。
岛上安全标示不全，没有统一的供水系统，用水靠居民自己打井取水，存在安全隐患；电讯系统不完善，网络覆盖面极小，信号不稳定；岛上道路硬化不足，大风天气，就会尘土飞扬；现代化娱乐设施更是极少，游客留宿时间短。整个涠洲岛旅游业投入与产出不成比例。