山区乡村因其自然地理条件极具特色，山地资源呈垂直地带性空间地理规律分布且被誉为“水塔”，对生态系统起决定性作用，所以挖掘经济效益的同时必须合理有效保护环境[15]。产业融合发展既要满足社会需求，又要遵循绿色开发的理念，双重并举构建绿色生态产业体系。这就造成山区资源开发利用要以全新的视角、方式及手段以实现经济利益最大化与资源耗损最小化并重，处理好生态保护与乡村产业振兴之间的矛盾。
（一）土地高低起伏，连续性差
山区乡村制约发展最大的阻碍莫过于用于建设用地、农业用地等适宜土地要素缺乏，而土地作为基础产业发展的依托，导致山区许多产业发展只能走“精小”路线，从而带来生产投入的劳动力成本随着经济发展攀升，但是产量却始终原地踏步。另外，生产力得不到释放，长期被束缚于低附加值的劳动密集型产业，产业趋于单一化。土地破碎度高、坡度大、通勤距离远等因素使得农业生产难以开展规模化经营与农业机械化，严重限制产业延伸拓展 。从最开始的第一产业发展到第三产业的延续，囿于土地这一天然要素的制约，使得山区经济发展长期滞后平原地区。农业是基础，山地区域根基不牢致使其他产业发展步态蹒跚，无法为其提供必需的要素禀赋。
（二）生态环境脆弱，易破坏难恢复
以西南地区的贵州省为例， 该省地貌类似分为高原、山地、丘陵及盆地四种，高原山地居多，是全国唯一没有平原的省份，地形起伏大，区域差异显著；地处亚热带湿润季风气候，降水量充沛，雨热同期，喀斯特地貌发育极为丰富。在地形、地貌及气候的叠加作用下，贵州自然环境极其恶劣，土地破碎、土壤肥力不足、水土流失严重，导致石漠化程度加深、面积扩大，是全国受石漠化危害最深的省份，干旱洪涝等自然灾害频发。城镇化加剧和人类生存经营范围延伸，山区毁林开荒现象层出不穷，让本就脆弱的生态环境系统更加不稳定，因此期望简单利用自然生态资源换取经济效益的做法将得不偿失。
（三）产品参与市场的现实成本过高致使同等产品缺乏竞争力
首先，山区乡村碍于地形阻隔，村落主要呈点状分布且规模小，相对距离与平原地区相比更远，人口密度也低，导致山地区域内的市场小而散，致使产品交易过程中的时间成本高。其次，交通基础设施不便。一是山区地形复杂，道路修建难度大、成本高、耗时长，从而部分偏远山区乡村交通网络覆盖不足，山区产品难以走出大山。二是尽管部分村落有交通网络的覆盖，但是公共交通却无法到达，农产品交易受限，市场运行效率低。同时，山区交通成本相比于平原地区更高，由于山区地理条件恶劣，道路易受自然灾害侵蚀，造成护养次数多、成本高，其部分成本会转嫁到道路的使用方，从而提高生产经营者的交易成本。 最后，信息闭塞，难以有效参与市场，带来信息收集成本高。山区恶劣的自然条件对宽带网络等人为的许多公共物品建设都有显著的不利影响，去掉修建及维护成本造成的设施数量问题，已经修建完成的宽带网络也会由于山地阻隔而影响数据传输，山区里的乡村在利用互联网获取新知识或利用电商平台进行新零售的效果相较于平原区域大打折扣。
（四）山区乡村产业内生动力机制缺陷，产业转型升级难度大
人口作为产业发展的血液，决定着产业存亡。山区人口净流出成为一个普遍的现象，造成山区产业建设与发展规模小、速度慢且存在日益萎缩的情形。特别是乡村地域非农化人口“两栖”远距离务工，乡村地域劳动力就地就业和安居可能性小，造成乡村产业发展内生动力不足，空间和产业集聚成长性低，无法形成具备造血能力的产业。