1.巡察报告问题反馈不到位
巡察反馈主要指巡察发现的被巡察党组织的问题，及明确指出的整改要求，具备较强的针对性、严肃性和权威性。高校巡察反馈按照反馈对象的不同一般有对被巡察党组织主要负责同志的个别反馈、对被巡察单位党政领导班子的班子反馈、对被巡察单位全体教职工或教职工代表的集体反馈三种形式。但高校巡察实际开展过程中，受人员、时间等问题限制，巡察反馈普遍采用单一的反馈方式，没能分层次、分对象进行，这就容易使巡察发现问题反馈不深不透，严重影响巡察整改效果。部分高校的巡察反馈缺少对主要负责人单独反馈，这可能会导致反馈内容泛化现象，点具体人、具体事不够透，被巡察单位党组织主要负责人不能深刻理解巡察反馈意见，致使后续整改工作不彻底或者方向有偏差。有的高校缺少对被巡察单位领导班子的集体反馈，容易造成领导班子在落实整改任务过程中“一岗双责”的意识弱化，认为巡察整改是党组织主要负责人的事情，自己和普通党员群众一样，牵头整改工作的意识不强。巡察工作发现，高校普遍能够开展对被巡察单位全体教职工或教职工代表的集体反馈，但反馈对象范围需要进一步确定，有的集体反馈仅面向领导干部或教职工代表较少，多数教职工对巡察反馈的意见不了解，导致巡察工作的公信力减弱。
2.问题线索办结情况不理想
问题线索是高校巡察中的重要成果之一，经巡察工作领导小组研究审定后，问题线索要按照分类科学、路径准确、内容完整、程序规范的原则进行移交。其中涉及违纪违法、违反中央八项规定和“四风”方面的突出问题要移交给学校纪委部门；涉及选人用人、干部担当作为方面存在的问题要移交给学校组织部门；涉及个人诉求的问题，要移交给信访办公室。参照教育部印发的《巡视成果运用办法》，相关部门应当在接收移交的问题线索3个月内将办理情况报巡察工作领导小组②。通过移交转办问题线索把巡察与纪检、组织等日常监督贯通起来，形成监督合力。但在实际工作中，一些部门常常由于其他繁重的日常工作和有限的时间、精力、人力的限制，对巡察移交的问题线索处置较慢，而巡察办公室将线索移交后对问题解决情况的跟踪督促不够，造成线索悬而未决或者查而未出，造成巡察成果运用不到位。
3.挖掘深层次政治问题不透彻
目前高校普遍重视巡察工作，将巡察工作作为管党治党的重要抓手，巡察过程中下大力气利用“12+N”的巡察工作方式，开展个别谈话、问卷分析、查阅资料、走访座谈等，扎实开展集中巡察，力求通过大量详实的数据分析、谈话记录等支撑材料实现巡察“真发现问题，发现真问题”的目标。但在巡察工作中了解到，一些部门存在对政治问题挖掘不深不透的现象，往往是收集了大量的初步成果，但对已有阶段性成果深层次挖掘运用不够充分，通过“业务”看“政治”的能力有待提升。一是由于巡察工作组大部分为兼职人员，发现问题和凝练问题的本领水平有待提高，对政治监督的内涵把握还不够准确，往往是发现问题就事论事，缺少政治敏锐力和政治鉴别力，挖掘背后政治问题、政治责任的能力亟待提高；二是巡察工作往往时间紧、任务重，巡察工作人员对初步形成谈话记录、问卷数据等巡察成果深入分析不够，简单描述性分析较多，深入多维度分析较少；三是对已有的反馈意见的研究视野不够开阔，横向研究不够，发现的普遍性、倾向性问题总结梳理较少，难以推动学校党委层面的改革与发展。