1.税务会计课程教学的涉及内容比较多，且课程时长短，教学方式单一。为了保证按时完成整个教学任务，只能在满足教学规划的前提下，对增值税、消费税和所得税种进行讲解，导致教师讲解不够深入，学生学习效率低下。在这种紧张的教学安排下，教师更加注重理论教学，导致理论教学和实践操作存在矛盾。另外因为教师自身与企业接触机会不多，税务会计工作经验的缺乏和实践能力不足等原因，无法采集到企业真正涉税活动实际发生的真实案例，教学中仅局限于税务核算过程中虚构案例的引入，并没有对整个税务会计教学过程进行全面贯穿，帮助学生更好地理解案例，仍旧偏向于理论知识的讲授，学生对所学税务会计理论知识应用于实践能力比较薄弱。
2.税务会计教学应用的教材往往具有一定的滞后性，由于税收规定经常发生变动，如果没有及时更新教材，就不能保证教学过程的时效性。因为税务会计在绝大数院校被界定成一门选修课，通常设置于大三的第一学期，这期间学生需要花费大部分精力用于其他专用课的学习，这在一定程度上影响了对税务会计知识的吸收。同时，由于每年税法都会有变化，这样税务会计课程内容可能存在一定滞后性，与当前企业中的实际涉税处理存在一定的差异，还有企业在其经营发展中可能会到涉及各式各样的税种，比如在购销产品时会产生增值税、也有可能产生消费税，结算工资时可能产生个人所得税，企业的经营收入可能产生企业所得税等，然而传授给学生的税务会计知识则较为散乱，涉及的面比较广但不集中，这样不利于培养学生对理论知识的实际应用能力， 难以达成最初理想的税务会计教学目标。
3.税务会计课堂教学还存在教学评价和反馈之间的矛盾，在实际教学过程中，学生之间的个体差异性是客观存在的，如果采用“一刀切”的教学行为，很容易引起学生反感， 不能满足不同学习程度学生的学习需要，学习积极性和自主性不高，最终导致学生总体学习效果不理想。
4.教学与实践脱节。税务会计本来就是一门实践操作较强的学科，然而在现阶段税务会计课程教学中存在着实践教学学时明显不足的问题，当然这与本学校的人才培养目标有一定的关系，同时由于税务会计教师绝大多数出自会计专业，对于税法则认识不足，只能够为学生讲授一些税务会计理论知识，其次由于实验条件的限制，难以保证税务会计的实践课程或仿真实验模拟课程的顺利进行。当然在税务会计实践教学中，很少有教师会引入专门的电子报税软件来开展实践教学，恰恰这正是互联网+环境下税务会计实践的核心内容，每年来自高校毕业的会计、税务专业大学生本应具备响应的岗位胜任能力，但他们却普遍存在对所学相关的专业知识一知半解、似懂非懂，缺乏解决实际问题的能力，这样使得学生在踏上工作岗位后，难以正确使用电子报税系统，不能很好地适应岗位需求。