随着技术发展，反舰导弹的突防和毁伤能力越来越强，对水面舰艇的威胁程度不断提升。通过对典型战例的分析，水面舰艇防空反导作战主要有以下特点：
（一）作战强度大，指挥被动性强，要求指挥员能争取部分主动权
防空反导作战是一种不具有主动权的被动作战，敌方进攻时间、作战兵力兵器和来袭数量难以预测，使得水面舰艇防空反导作战面临很大的被动局面，这就要求指挥员做好充分准备，从而使得作战强度大大增加。指挥员需要熟练掌握“三情”，能够根据敌可能的兵力兵器的特点、作战海区自然条件及作战时间因素、敌我双方力量对比、海上作战态势、敌方战术思想和敌方指挥员性格特点等因素提前准备，最大限度地争取防空反导作战的主动权。
（二）作战态势复杂、变化速度快，要求指挥员具有很高的分析和判断能力
现代战争中，空袭目标种类多、速度快、机动性能好，目标容易丢失，这使得防空反导作战态势复杂多变。指挥员要在复杂多变的态势中，准确地识别、判断目标、正确地下定作战决心，就必须有较强的分析和判断能力。
（三）战场电磁环境复杂，作战过程对抗强度高，要求指挥员具有复杂电磁环境下防空作战的组织指挥能力
防空反导作战中，往往伴随着敌各种兵力实施的支援式和伴随式干扰等强对抗措施，舰艇通信可能中断、雷达可能受到严重干扰，这就要求指挥员能准确认识所面临的复杂电磁环境及其对作战的影响，提前做好完备的方案预案，能够根据作战过程中电磁环境的影响等级，有针对性地采取相应的措施进行防空反导作战的组织指挥。