（1）毕业设计有效时间较短，设计任务完成效果不佳。
根据文献调研及访谈了解到，目前绝大多数高校毕业设计工作的开展主要还是集中于大学生学业生涯的最后一学期或者最后一学年，而此时恰是学生实习、考研与就业等多重任务交织之时，相形之下，毕业设计工作反而成为最不能得到学生足够重视的事件，真正从事毕业设计的时间被大大压缩。
对于理工类毕业设计往往以做出设计作品为主要工作任务，而设计作品比如像软件系统、硬件电路板、制造的模具或者建筑结构模型的完成不仅需要有丰厚的基础知识功底、较强的自学习能力，还要有敏锐的实践操作能力，要达到在较短时间内完成新知识的学习、领悟、掌握并尽快运用到毕业设计实践中，这无疑增大了毕业设计工作圆满完成的难度。
这样，本来毕业设计有效时间已经被挤压，还需再完成多种知识技能的初次学习后才能正式步入设计工作的正轨，设计任务完成效果往往大打折扣。
（2）毕业设计组织时间晚，不利于所学知识的巩固升华，借助所学知识参与学科竞赛的专业技能得不到及时锻炼
众多高校将毕业设计工作设置于大学生学业生涯最后一学期或最后一学年的初衷基本都是为了巩固学生大学3-4年中所学的专业知识，锻炼学生专业知识实际应用技能，为后续步入相关专业性工作岗位进行实战演练。然而，毕业设计时，学生即将毕业，对于提升自我的学习任务已无暇潜心研究，因而很难达到对知识巩固升华的目的。即使确实认真完成了毕业设计，学有所得，也只有期待在工作岗位上施展自己的才能，当然，还需就业岗位恰好专业对口。
实际上，学生在大二时期是专业技能最可塑的时期，经过近2年的专业知识积淀和专业技能训练，学生具有了一定的专业素养和学习实践能力，如果加以科学的引导，创新创造能力会得到极大地激发，在后续挑战学生技能的各类学科竞赛时完全可能大有所为。积极参与各类学科竞赛，不仅学生可以得到锻炼，教师专业技能水平也可以得到提升，同时有利于学院浓厚学术氛围的形成，从而促进专业的发展。然而，由于很多高校的专业教育课程体系中对专业知识综合应用能力锻炼的环节只有毕业设计这一阶段，很少在大二、大三期间设置指导学生设计类任务的环节，学生应用型实践技能很难在这一时期得到训练，因而，面对众多学科竞赛，学生本可以凭借丰富的创造力和想象力取得骄人的成绩，却只能因胸中无术而一次次抱憾放弃，从而削弱了与经常参加学科竞赛的特长学生职业竞争的能力。
（3）毕业设计工作制度不完善，选择设计题目学生少，设计工作持续开展难度大
各高校对毕业设计工作程序、标准和要求一般都会做出一些规定。然而在二级学院具体的工作组织中，该项工作具有一定的灵活性和自由度，细节方面的制度并不完善，比如设计题目人数达到何种占比，设计任务与论文任务评分标准如何详细区别等，这些都没有较为合理明确的规定，因此，对于设计任务和论文任务可以二选一的学科，大学生往往倾向于选择综合难度相对低一些的论文任务，而放弃设计任务，这必然会引起毕业设计工作中的不平衡，形成恶性循环，终将使得设计工作开展难度越来越大。