当前，随着高校课程思政教育教学改革不断深化，取得了显著的成效，但在实施过程中也面临着一些困境和难题，亟待克服和解决。
（一）欠缺顶层设计和整体规划，无法从根本上解决各类课程与思政课程同向同行的问题。学校对课程思政的理念和重视程度至关重要，它涉及到高校发展战略、人才培养方案、师资配置，具体到课程培养方案、教材、政治标准、评价机制等整体规划和具体落实。这些都是建设、实施好课程思政的重要手段和体制保障，是实现课程思政教育过程科学化、规范化建设的关键。
（二）存在认识偏差、重形式轻内容、重科研轻教学、重业务轻政治等问题。这与教师对政治认识不足，忽视价值观引领和道德培育有关，也与教师的思政基本理论不足和价值引领能力达不到要求有关，已经成为制约高校立德树人的主要瓶颈。
（三）存在主体错位、渠道不畅问题。没有发挥好思政课、专业课、社会实践、线上教学等各类课程的协同作用。专业教师对教书育人的主体认识不到位，将信仰教育等同于知识教育，把学生思想政治工作归于思想政治理论课教师，导致主体责任缺失，把课程思政简单化为讲讲时政要闻，影响了高校立德树人根本任务的实现。
（四）存在定位不清、方式方法滞后问题。青年教师刚加入高校教师队伍不久，社会阅历少，教学育人经验不足，难于全面了解、掌握“立德”、“树人”正真内涵和育人方法途径，影响了课程思政立德树人的效果。
（五）师德有待进一步提升，青年教师对师德师风学习、修养不足，无法正真做到先“立德”后“树人”，身正为范难于形成，影响了教师整体形象，也对学生的发展产生不良影响。
（六）存在立德树人评价失衡问题，削弱了青年教师立德树人的积极性和实效性。部分学校在建立课程质量标准和课堂教学效果评价体系时，没有明确将课程思政要求、目标达成度纳入课程授课质量评价体系，对课程思政的评价标准不清晰或权重占比太少，起不到激励作用。