（一）交叉学科设置方面的问题
近年来，国内外高校和研究机构普遍高度重视、推进学科交叉，积极倡导学科间相互渗透融合。允许一部分高校设置新的尚未获得广泛共识的交叉学科，探索在新的交叉领域培养人才，成为适应学科交叉发展的重要选择。我国高校根据学科发展需要和社会需求自主设置了大量交叉学科，其数量已经超过了学科目录内的学科数量。发展至今，我国交叉学科设置上也遇到一些新的问题和挑战。
1. 内涵不清晰
科学上的突破和创新，越来越依赖于交叉学科。在这种大趋势下，一些高校一味追求扩大规模，不断合并和增设新兴学科、对不同学科进行叠加，却不注重内涵式学科建设，忽视学科间的交叉整合，导致交叉学科内涵、范围、目标不明确，学科建设也缺乏主动性和原创性。交叉学科内涵界定不清，一方面会对不同高校间的学科交流造成一定障碍，缺乏形成稳定的学术共同体的根基，难以形成学科发展的良好生态。另一方面，不利于社会对交叉学科的认知和接纳，容易引起误解，错失学科发展机遇。
从交叉学科设置的关联模式来看，目前部分高校设置的交叉学科主要是瞄准前沿科学问题或重大任务需求，但在学科内涵方面缺乏较为一致的共识。有些交叉学科名称虽然相同或相近，但关联的支撑学科却存在较大差异。例如，截止2020年6月，全国有4所高校（北京大学、中国科学技术大学、山东大学、武汉大学）设置了“数据科学”交叉学科，但有的以计算机科学与技术、管理科学与工程、图书情报与档案管理作为支撑学科，有的以统计学、数学、计算机科学与技术、信息与通信工程、生物学作为支撑学科。显然，这些“数据科学”的具体内涵并不同。
2. 分布不平衡
在时代发展需求的大背景下，交叉学科发展获得了快速发展的推动力，但交叉学科发展也存在分布不平衡、发展不均衡的问题。一些需要长期积累、难以短期出成果的学科缺少稳定支持；一些对我国长远发展有战略意义、而当前没有明确应用目标的学科缺少前瞻部署；一些在学科体系知识传承中不可或缺的“冷门”学科却受到冲击。
在对我国12个学科门类的交叉学科参与度分析中发现，工学、理学和管理学支撑的交叉学科数最多，占比显著高于其他学科门类，在交叉学科网络关系图中也是以上学科门类更具集聚优势；相反，农学对交叉学科设置参与度最少，在交叉学科复杂网络中也是处于“边缘”地位。有待进一步优化交叉学科结构，加大对冷门学科、基础学科的长期稳定支持。
3. 融合度不高
交叉学科的“交叉”不是将两个或多个学科进行简单的拼凑，而是要以解决理论和实践问题为导向，找到不同学科内在的逻辑联系，才能培育出新的学术增长点。我国高校的目前的学科设置按照学科门类、一级学科、二级学科组建，交叉学科的设置多是同一门类或同一级别学科的组合，缺乏综合考虑相关学科之间的渊源和内在联系，不能反映不同学科间的逻辑和互动关系。本研究对2020年最新的数据分析显示，所有的交叉学科中，同时涉及自然科学与社会科学学科门类的交叉学科只有147个，占所有交叉学科的27%，而单纯自然科学内部的交叉学科有259个、单纯社会科学内部交叉的学科有143个，两者共占所有交叉学科的73%。我国交叉学科“远缘”交叉依然较少。