在实施创新驱动发展战略过程中，由于受到传统发展方式的长期影响，湖州经济转型升级难免会面临来自技术、制度或者社会等诸多方面的问题与挑战，使得湖州创新驱动发展存在全面性不足、缺乏发展模式创新，行动力偏弱等问题，从而使湖州在实现GDP增长的同时没有全方位顾及到民生领域的发展与改善，影响了创新驱动发展战略的总体效果。

1.全面发展理念有所欠缺
目前湖州在经济发展上已对创新驱动有了足够的重视，但由于深受此前发展思想的残留影响，总体上仍缺乏全面发展理念，具体体现在发展过程中各级政府更看重数量的增加而不是发展质量的提升。湖州虽然推进创新驱动发展战略，同时提出一系列促进创新的政策措施，但在发展过程中更多单纯地追求实现或超额完成某个特定目标，导致最后仅实现发展的数量目标，而没有重视创新驱动发展品质的提升。以发明专利为例，以湖州2010—2019期间的发明专利数作为相关指标衡量湖州过去十年实现创新驱动发展的质量：尽管湖州在这一时期的发明专利申请受理数量及授权数量均有明显增长，但将其中的发明专利授权率进行单独提取并分析，就会发现自2010年开始，湖州的发明专利授权率指标一直稳定在85%以上。而在2012年实施创新驱动发展战略后，湖州发明专利授权率指标开始下滑，到2019年年底已降至70.29%，甚至低于2010年的统计数据91.82%，这说明湖州发明专利申请受理数量尽管增多，但无法体现“创新”相关成果的比例却不断增大。这也从侧面表明：虽然湖州近年来一直重视创新，但在实践中通常存在对创新数量方面的重视程度远远胜于对创新质量方面的重视程度。因此虽然产生的创新成果逐年快速增多，但其中的水分也很多，相关成果中很多来自于对从前成果的简单改进，并无更多实质性的创新，因此对湖州经济的创新驱动发展并无多大作用，同时有违创新驱动发展的本意。
2.对关键核心技术的掌握不足
目前我国经济已经由高速增长阶段转型为高质量发展阶段，其中关键核心技术掌握不足已成为制约经济发展的瓶颈。加快提升我国自主创新能力，在未来几年尽快突破和掌握关键核心技术，将会关系我国经济发展的全局，也是构建国内大循环为主体发展格局的关键。随着湖州创新驱动的发展，不少技术难关已被突破，但是部分高端产品以及核心技术受制于人的状况仍未根本改变，尤其是产品可靠性仍须加倍努力，这些只能通过夯实基础和逐渐积累。湖州品牌品质这一软肋背后，反映了企业核心技术积累以及研发投入的支撑仍然不足，企业缺乏关键核心技术和技术创新能力，一味靠进口零部件组装并不能提升湖州自主品牌的品质及其形象。由于发达国家率先形成更为完善的专利、技术以及标准体系，湖州企业自主创新面临很多障碍。只有通过大量实验数据不断积累、不断总结以及调整提高，才能制造出一款好产品。尽管湖州在创新驱动发展中已经解决大量技术难题，但在部分重要领域仍然与发达国家存在差距。而关键核心技术是无法永远通过市场进行购买的，唯有立足自主、加大企业研发力度，未来才能在关键核心技术方面不再受制于人。在中美战略竞争激烈、贸易保护主义加剧的形势下，湖州产业和企业未能掌握关键技术的情况下，容易被国外“定点攻击”，导致相关行业企业面临重大考验。