“在《西游记》的传播过程中，有关小说与全真教( 或曰‘金丹大道’) 的纠葛，一直是一个绕不开的话题。”宋元时期，西游故事在民间广泛传播，具有相当大的影响力，并且得到了当时强势盛行的全真教的注意，不少全真教徒试图对该故事加以改编，将玄奘西行艰难历程与道家修持程序的相互印证作为小说的寓旨。此种风尚愈演愈烈，到了元末，甚至是明朝初年，一部以全真教思想为主脉的《西游记》“世前本”便成型了，署名杨悌的《洞天玄记▪前序》中提及“遂仿道书，作《洞天玄记》。所谓《西游记》者同一意”，此序写于嘉靖二十一年，比世德堂本《西游记》梓行早五十年，且点出该书以丹道思想为核，似可证明当有一个这样的“世前本”存在。可惜这样的一个全真本或被删削，或亡佚于历史中，现在的读者难窥其真容。但是世德堂百回本中仍然遗留着不少这段特定历史区间内“全真化”的痕迹，可以概括为两个方面，一是将道教“修身成仙”、“长生久视”作为个人修炼的最高追求，二是全真教内丹道学思想和五行学说与故事情节混融无间。
在百回本《西游记》中佛教的哲学归宿，即追求内在的顿悟，解脱成佛，已经被道教“长生久视”，修成大罗金仙的追求所取代，这一转变可以在小说得到多方面的验证。百回本小说的头两回“灵根育孕源流出，心性修持大道生”、“悟徹菩提真妙理，断魔归本合元神”描述了天产石猴孙悟空从萌发生死之忧作为“道心开发也”的开端，再到海外访仙求道，拜在菩提老祖门下，菩提老祖要教他“术、流、动、静”等旁门之法，孙悟空皆以不能长生而不学，可见悟空一心希求的便是“人与天地参”的肉身不朽的境界，与道教徒希求得道长生的宗教追求相符合。再者蟠桃会之所以为天宫胜会，便是因蟠桃的神奇妙用，人吃了霞举飞升，与天地同寿；西天大道上的妖怪之所以非得吃唐僧的肉，也是因为唐僧是十世修行的好人，吃了便可成仙与长生不老。如此情节上的安排，都体现了道家对于“霞举飞升”、“长生旧视”的歆羡。百回本《西游记》中存在着大量的内丹修炼术语,也是一个不争的事实。不仅回目标题里有“心猿”“意马”“婴儿”“姹女”“金公”“木母”“黄婆”等，就连是韵文诗词里都有充满了内丹修行的描述，如猪八戒自叙时言道“上至顶门泥丸宫，下至脚板涌泉穴。周流肾水入华池，丹田补得温温热。婴儿姹女配阴阳，铅汞相投分日月，”反映了道家修炼元气的一些步骤。道家丹道成仙走的是“内修外养”的路子，这点在孙悟空身上也能印证。菩提老祖所教授的长生妙道强调的是谨固牢藏体内“精气神”，这讲的便是依靠内修保精行气，而这般修炼只能做到性命自坚，还不能算有成。之后孙悟空大闹天宫，吃了蟠桃，服食太上老君的九转金丹，方才达到金刚不坏的境界，八九玄功练至大成，这依靠的便是外养服食。五行之学更是散部全书，无论是人物的属性，还是情节的安排都有此思想的内涵在支撑。孙悟空是金公，猪八戒是木母，金木相克，故须孙悟空出手才能擒住猪八戒，且二人在取经途中多有矛盾。悟空在五庄观推到人参果树，各路仙神都无计可施，惟有观音玉净瓶中一滴水便使得死木复生。