苏州大运河具有悠久的历史，是苏州文化和经济的摇篮。与其他文化相比苏州大运河非遗文化具有多元性和流动性的特点，也正是因为这些与众不同的特点，使得苏州大运河非遗文化的保护存在一定的困难。
（一）苏州大运河非遗文化的特征
1.价值多元性
苏州大运河非遗文化第一个特征是多元性，这种多元性主要体现在大运河非遗文化的表现形式上。运河在展示中国水利工程技术的同时，也孕育了运河苏州段的村落、古镇、历史街区、民俗文化、风俗习惯等。这些文化遗产都是现今存在可以证明古代政治、经济、文化的象征。苏州大运河非遗文化表现形式可以分为物质文化和精神文化，物质文化顾名思义就是指人类创造的物质产品，包括生产工具和劳动对象以及创造物质产品的技术。物质文化是苏州大运河非遗文化的具体表现和历史遗留，其苏州大运河的物质文化主要有山塘历史文化街区、平江历史街区、盘门、宝带桥、古纤道以及山塘河、平江河等运河故道。而精神文化主要是指苏州运河沿岸而形成的生活方式、风俗习惯、生态环境以及交流方式等，在物质文化与精神文化融合之下，共同构建了苏州大运河非遗文化的整体风貌。
2.时空流动性
苏州大运河非遗文化另一个特征就是流动性，这种流动性表现在时间、空间两个方面。首先在时间方面，苏州大运河非遗文化历史悠久，从古至今，苏州大运河不论在水体流动亦或是运河文化传播与发展方面都是绵延不绝的。苏州大运河的开凿、发展与兴盛的历史也是苏州城市发展的文明史，其是苏州文化的记忆之场也承载着每个苏州人的文化情怀。其次在空间方面，联合国教科文组织把大运河非遗文化特点归结为“它代表了人类的迁徙和流动，代表了多维度的商品、思想、知识和价值的互惠和持续不断的交流，并代表了因此产生的文化在时间和空间上的交流与相互滋养”，突出的就是它流动中的文化融通这一卓越特质。苏州大运河非遗文化连接了整个苏州城市，苏州由于运河的连接使得整个城市表现出一种和谐的美感。
（二）苏州大运河非遗文化保护困境
1.生态环境保护力度不够
随着经济的发展以及人民生活水平的提高，每年旅游出行的人数也不断攀升。苏州作为一个旅游城市更是吸引了海内外的众多游客，但是这同样给运河文化的保护带来了很大的压力。此外，随着苏州城市经济的发展，也使得苏州城市人口的不断增多，这也就免不了带来用水压力，城市经济的发展速度远超过运河文化保护速度。再次，分散的管理体制，阻碍了水资源的高效开发和利用，造成了水体污染以及水生态环境的破坏。
2.运河开发不够合理
为了迎合社会经济发展的需要，运河沿线运量不断增多，并且对京杭大运河进行了多次的整治和扩建。从1958年开始，苏州段的大运河就进行了一系列的开发，使得运河的真实性和完整性面临着巨大的威胁。
3.遗产价值认识度不清晰
对于运河文化的认知目前还存在着一些差异。有些研究者着眼于运河水文化本身，将运河水文化遗产可以分为三类:物质形态水文化遗产、制度形态水文化遗产和精神形态水文化遗产，围绕着水、水事、水利所创造的物质财富与精神财富的总和。而运河作为一种特殊的文化遗产，有着与其他文化遗产所不同的特征。运河文化种类丰富，涵盖河、岸、城，精神、物质、制度三种遗产类型。既包括名街、古镇、城市等文化片，同时文化带中的点、线、面又与周边环境、运河母体进行着物质信息与能量的交流，是一个开放的系统，也是不同文化在某个空间进行交融的统一整体。而现今，无论是对运河文化的研究者还是普通民众对于运河文化的了解都是不太完善的，这种认知的缺失使得运河文化的保护得不到一个有效及科学的实践。
2.运河文化产业链不完善
苏州大运河位于苏州西部地区，东临工业园区，西接太湖，南北分别与无锡、湖州接壤，身处于长江三角经济区中心，京杭大运河与苏嘉杭高速一起贯通南北，同时连接了苏州最有活力的城市区，城镇区和乡村地区。整体来说苏州运河段所处的地理位置都十分优越，同时连接多个经济体，有很大的潜力成为长三角地区集交通、文化、娱乐、经济、于一体的文化聚集地，但是目前由于运河文化产业链的不完善导致其发展滞后。文化产业融合发展需要借助运河文化母体来连接运河周边的产业，利用高新技术来打破壁垒实现文化产业的运作。应利用互联网，数字传播等技术构建苏州大运河非遗文化数据资源平台，依靠平台数据进行资源的整合，并且加强大运河非遗文化与苏州相关产业的融合，实现以文化资源核心，相关产业为辅助，上中下游产业相互贯通的局面。