西藏广大农牧区地理位置偏僻，地广人稀，自然环境严重限制了交通的发展，导致了宗教管理成本一直处于高位；交通不便也导致了政府与农牧区联系松散，即使是同一行政区域之间，人员的流动性也非常低，社会信息交流封闭，为一些非法宗教活动提供了机会；同时基础教育发展滞后，加之宗教信仰具有较强的主观性和隐蔽性，也致使治理难度加大。以“党委领导、政府负责、社会协调、公众参与、法制保障”的宗教治理主体多元性原则为问题切入点，结合实地调研数据，总体而言，西藏农牧区宗教治理面临的主要困境可以从宏观层面的政策宣传、积极引导，中观层面的思想认识、贯彻落实，微观层面的日常行为、价值观念等三个方面来探讨。
（一）宏观层面：基层政府宗教治理困境
西藏农牧区宗教治理理念创新、宗教治理能力的提高与西藏农牧区乡村振兴有着直接的关系，有效治理农牧区宗教问题，是农牧区乡村振兴的内在要求。从宏观层面看，“党委领导、政府负责”是农牧区宗教治理是否有效的关键基础。从调研情况来看，当前基层党委政府在宗教治理过程中存在着“管而不治，宣而不导、知而不行”等治理困境。
1. 管而不治：重管理轻治理
在推进西藏治理体系与治理能力现代化过程中，必须构建“共建共享共治”的社会治理新格局。社会治理主体的多元性要求政府部门的单向管理向多元治理转换，宗教领域也概莫能外。调研中发现，农牧区基层政府在对待宗教问题过程中，存在着严重的重管理轻治理的问题。在对“乡党委政府是如何管理宗教日常活动的？”这一问题的回答中，X乡某副乡长告诉我们：
我们主要是按照县委县政府的要求（管理宗教场所），很多事情主要是由驻寺工作队负责。在宗教节日活动期间，我们会派相关工作人员去维护活动秩序，避免出现意外情况。同时，对于非本辖区的宗教人士进行严格管控，禁止本地宗教人士到处流窜……，乡里的事情太多，任务重，工作人员没有时间去面对面的了解他们（宗教人士）的实际情况，只要不出问题就行。
可见，在农牧区政府宗教治理过程中，依然存在着将政府作为“唯一”的治理主体的倾向，这种思维在本质上反映了“堵”的治理方式，即将宗教问题暂时控制住，“只要不出问题”就行。但是“不出问题”不代表“没有问题”，传统的管理思维方式体现的是一种静态的过程，这并不适合问题的解决。
2. 宣而不导：重宣传轻引导
习近平总书记强调，“坚持党的宗教工作基本方针，关键是要在‘导’上想得深、看得透、把得准，做到‘导’之有方，‘导’之有力、‘导’之有效，牢牢把握宗教工作的主动权”。“导”的理念从本质上反映了宗教治理过程的动态性，系统性，即宗教治理是个系统工程，需要从宣传到落实整体考虑。但是在调研中发现，农牧区宗教治理过程中存在着严重的重宣传，轻落实倾向。在对“在引导宗教与社会主义社会相适应方面做了哪些工作？”这一问题的回答中，访谈对象谈及最多的是宣传、宣讲。