（一）前期调研取证难
经济责任审计工作开展前期需进行充分的调研取证，一些处于合并初期的高校由于地址搬迁及人员调整，被审资料存放地点不一，如不提前调查核实清楚会增加取证过程的复杂性。经济责任审计所涉及方面较多，需要搜集的材料较多,如账簿、凭证、工作总结、会议纪要、规章制度、合同等，在调查取证过程中，存在一些单位或部门被审领导干部因已离职或调离岗位，对经济责任审计工作重视程度不足，未按时协助准备资料，一些单位或部门未配备合格的审计联络员，不能很好整理、汇总、提交审计所需资料，给审计工作带来障碍。此外，合并高校经济责任审计涉及的对象往往具有复杂性，如院所合并高校的经济责任审计范围往往涉及各研究所，校企合作高校涉及相关企业，附属单位包含附属医院或其他附属机构。在审前取数过程中存在高校、校企、附属单位等实行的会计制度不一、财务记账软件不一，尤其是在19年政府会计制度改革后，原有财务记账软件多数都已升级，审计部门审计软件若不及时升级更新可能无法顺利完成取数。
（二）缺乏程序性与计划性
在程序性方面，很多融合高校尚处于合并初期，还未适时成立审计委员会或联席会，经济责任审计工作的开展还是按照审计部门原有的内部程序来执行，未与相关部门共同商议审计措施方案的制定、审计实施的协调推进、审计结果的合理运用等；高校的经济责任审计工作大多还是受组织部委托且安排在干部轮岗换届或离任时进行，审计部门根据组织部下发的人员名单安排审计，这种模式容易造成业务繁、时间紧、任务重，经济责任审计程序的合理执行及审计质量也会受到影响。在计划性方面，审计部门的经济责任审计项目大多是被动接受，往往过于集中，无法做到及时主动、提前规划经济责任审计工作，或无法将审计项目合理分散、分年度安排，审计工作缺乏计划性；在审计业务量大的情况下审计部门会聘请符合资质条件的第三方中介机构进行审计，审计部门在指导并监督好第三方中介机构的基础上要做好计划安排，对如何选择审计中介、不同地点、类型的审计项目如何分工、项目执行的先后顺序、进点会时间的确定、审计报告及征求意见的完成时限等都要进行合理计划，以做到节约时间、空间、人力资源，保质保量完成任务。
（三）未设置分类评价指标
高校经过不断改革发展，其规模、自主权不断扩大，角色也更多变。合并高校被审计中层领导干部可能涵盖教学、行政、科研、独立核算研究所、校企、附属医院等多个领域，各类人员的主管业务和经济责任重点均不同，虽然最新的两办细则等规定详细阐述了经济责任审计的内容、程序、评价、运用等，但针对合并高校特有的“多角色被审计对象”，很多并未分类设置有针对性、重点性的评价体系，且评价体系中定量评价比重不高，其结果难免有失偏颇。此外，经济责任审计的评价体系也未随融合发展实时更新，比如现阶段财政大力支持高校建立多渠道筹集办学经费，除了基本的财政拨款收入及事业收入外，高校还要考虑积极争取创收收入。高校可通过校企合作、技术服务、社会培训、自办企业等创造创收收入，各个单位或部门的创收收入也体现了领导的个人能力，但很多融合高校并未考虑时效性将此类内容列入评价体系中，也未关注一些单位或部门的特色业务及创新事项，未根据融合发展合理考虑评价体系的调整。
（四）审计咨询建议职能未充分发挥
高校经济责任审计项目若安排在干部离任后，即便发现问题也无法对前任领导起警示、制约的作用，限制了内部审计监督评价与咨询服务职能的发挥，影响了审计工作的效用与实行审计的目的，审计结果的借鉴作用也不大，不利于合并高校的后续管理与融合发展。其次，合并高校的内部机构具有复杂性，问题类别具有多样性，内部审计机构及人员未被赋予强制措施权，后续审计整改工作推进难度较大。此外，经济责任审计存在时间跨期长，背景难把握的难点，一些合并后高校的审计部门未考虑融合发展需要配备原融合前各方的人员，由于先前不了解相关单位或部门的背景及业务，后续开展审计工作时可能进度缓慢，审计结果与评价也多停留在表面上，往往“说不到点子上”，审计报告的认可程度也将会大大降低。