（一）缺乏开展心理健康教育工作的配套设施
高校开展心理健康教育工作需要拥有最基础的设施，例如“谈心谈话工作室”、“心灵之窗”、“心灵驿站”等，为心理健康师、辅导员等提供与学生洽谈的场所。但是存在很多高校在心理健康教育工作上的经费投入过少，二级学院配套经费紧张的现象。高校虽然在校园里面有设置了心理咨询中心，但是数量过少，甚至很多高校只有一个，难以满足学生心理选择性上的需求。同时，心理咨询室在设计和位置选取方面不太合理，多采取全封闭式设计，选址在行政楼进行办公，缺乏环境的亲和力、感染力，容易让学生望而却步，更谈不上心与心的交谈。更有甚者，因为经费紧张无法建立专门的心理咨询室，经常将会议室、办公室、空闲教室等临时环境作为与重点学生约谈的场所，解决一时之需，没有考虑到肃穆的环境很难让学生产生一种精神寄托，学生一旦有心理问题时，不会主动前往咨询。
（二）心理健康教育工作的师资队伍薄弱
心理健康咨询师、辅导员、导师是高校心理健康教育工作队伍的重要角色。高校虽然都建立了相应的心理健康教育工作队伍，但是在管理、培养和考核上存在诸多问题。首先，高校虽然按照中发[2017]62号文件要求配备了心理健康教育专业教师，但是很多心理健康教育专业教师是由其他教师或者工作人员来兼职，无法全职工作在心理健康教育工作的第一线。其次，高校对于辅导员、导师及心理工作者的培训过少，尤其是忽略了对研究生导师的心理健康教育的培训。很多辅导员并不是心理专业科班出身的，也无法通过考试获取心理咨询师资格证书，缺乏心理健康相关的理论知识和谈心技巧，对心理可能存在问题的学生难以及时做出判断。最后，在研究生规模较大的高校，研究生心理问题也日益凸显，辅导员与导师对心理健康教育工作职责划分模糊。导师是研究生培养的第一责任人，在学术上为学生传道授业，却经常容易忽略了对学生的心理上的解惑。除此之外，高校也缺乏对研究生导师在学生心理健康教育方面的考核机制。