（一）课程目标定位不明确
创新创业课程目标的设定不仅需要衔接专业目标，还要考虑学校特性和学生特点。只有课程目标清晰准确，才能确保教师在实际教学过程中方向明确，教师知道“教什么、怎么教”，学生清楚“学什么、如何学”。但目前大部分高职院校的创新创业课程目标相对比较泛化和抽象，问题主要集中在设置课程目标时并未深入思考学校自身的优势和所处产业领域特点，导致学生创新创业能力的培养好似空中楼阁，无法落地生根；学校很难实现创新创业教育和专业教育的深度融合，专业课程目标和创新创业课程目标相互独立；学校没有重视不同学生的创业需求不一样的客观事实，不同专业不同年级不同类型的学生创业需求差异性在现有的创新创业课程目标里很少体现。
（二）课程体系结构不合理
课程体系结构是课程体系建设的框架，需围绕着人才培养目标进行搭建，是有效配合和组织课程各部分内容的载体，其规定课程类型、课程内容、必修与选修课比重、理论课和实践课分配以及师资配备等相关要求，直接影响课程开设的效果与质量。目前我国绝大部分高职院校创新创业课程体系结构具有一定的层次性和阶段性，但课程之间的关联性并未建立，主要体现在创新创业课程与专业课程无法深度融合；创新创业理论课程和实践课程缺乏有效递进；创新创业必修课程和选修课程比例失衡。
（三）课程内容不丰富
教师是知识的传播者，课程是知识的核心载体，“巧妇难为无米之炊”，再优秀的教师没有丰富的课程内容，也无法讲授一堂精彩的课。课程内容体现了课程目标，其质量决定了课程的质量和教学的效果。目前高职院校的创新创业课程内容分散、形式单一，无法建立完整的知识体系等问题比较突出，主要表现在创新创业课程选用的相关教材过于理论，操作性不强；创新创业课程内容千篇一律，知识更新无法适应市场变化；专业课程内容缺少创新创业理念，很难实现专业指引创业方向，创业驱动专业学习。
（四）课程教学模式单一
创新创业课程内容上的差异性要求课程教学模式必须多样化，但受到师资和平台等条件限制，创新创业课程通常局限在教室，采取大班授课的形式，以理论讲授为主，针对性不强，教学模式单一。由于教师缺乏实际的创业经验和创新创业意识，无法从创业者的角度去调动学生学习的积极性，所传授的知识主要来源于教材，无法实现理论和实践的结合，这样很难培育出具有创新精神、创业意识与创业能力的创新创业技术技能人才，还有不少院校虽然开展了创新创业相关训练和竞赛，创办了多样的创新创业孵化基地等，但这些训练、竞赛和孵化基地很少应用于日常教学工作，学生的创新创业构想和计划沦为空谈，创新创业课程的效果难以发挥。
（五）课程评价不健全
创新创业课程目标的实现和课程实施的质量需要有科学的课程标准和课程评价方式，并不断健全完善课程评价系统。目前，高职院校在课程评价上，评价系统并不健全，主要通过两种方式进行：其一是学校根据政府下发的的评价指标进行课程评价，但这种由政府部门设置的评价指标往往很难考虑到所有高职院校的情况，高度统一化的评价指标在一定程度上会限制高职院校开展多样化的创新创业教育；其二是学校组织的日常课程评价，目前高职院校内部仍采取传统的课程评价方式和标准，主要以考试结果为标准，这显然是不科学的，因为创新创业教育包括学生的创新意识、创业能力与创业意愿的激发，这些是很难用分数来计算的。课程评价的单一和无效性进而将导致高职院校创新创业课程流于形式，无法真正培养学生的创新创业思维和能力，很难真正实现创新创业教育的人才培养目标。