习近平强调：“并不是把课讲成简单的政治宣传，而要以透彻的学理分析回应学生。”因此，清醒认识“课程思政”在本体论上的危机、误读十分必要。回溯近年来“课程思政”建设，主要面临四大问题。
（一）专业课程和思政课程“两张皮”
思政课程长期以来上演立德树人任务的“独角戏”。技术理性和价值理性长期分离，专业课和思政课都很难发挥系统化、整体性的育人功能。“在中国学校教育中，多有‘教书不育人’‘教书不传道’的现象。”“在立德树人的大舞台上，只有指挥、主唱和乐队全体成员通力合作、各司其职、各尽其责，才能演奏出和谐美妙的育人乐章。”思政课教师是立德树人的先锋队，但不是“赶死队”，单枪匹马只会让立德树人教育事倍功半、收效甚微。
针对“课程思政”理念的理解存在误区，片面认为专业课 “授业”，思政课 “传道”，“智识”教育和价值教育明显分裂。课程中未能体现“课程思政”立德树人的本质，创新实践发生偏向。另一方面，专业课程中强行渗透“课程思政”理念，科学性和育人性都被淡化、衰退，“两张皮”现象突出。思政课程和其他课程在共画同心圆。在这个同心圆中，思政课处于圆心位置，发挥核心作用，其它课程围绕其发挥辅助的正向作用。
（二）“课程思政”与思政课程边界模糊
两者边界模糊体现在：首先，“课程思政”可取代思政课程或认为“课程思政”是一门课或系列课。不再需要思政课，此观点不仅是对思政课程的肢解，也是对课程思政的误读。推行“课程思政”的目的不是合并、消解、替代思想政治课程的工作，而是辅助和完善思想政治育人的功能。相反，如果没有思想政治教育的主阵地，“课程思政”也是“无米之炊”。其次，“课程思政”就是另外开设的公共必修课程。在课程思政的推广初期，尤其是上海的高校推出系列“大国课程”，取得丰硕成果。但在推广成熟过程中，认为开一门课或系列通识课就是“课程思政”，这是对课程思政本质的简单化、通俗化、形式化误读的表现。本质上来说，“大国课程”只是初期的实践探索，但从长远课程规划来看，“课程思政开始复归本真，即不必然需要另外开设其它课程，而是要去充分挖掘现有课程所蕴含的思想政治教育资源。”另外开设系列课程，既增加学生负担，还将错误将学生引向“唯意识形态化”的歧路。最后，“课程思政”与思政课程，两者界定模糊，消解了每门课在各自价值理念、技能实践维度的特色。思政课教师队伍责任重大。通识课和专业课都不能置身事外。